每次拿到新的蛋白序列,想要找到感兴趣物种的同源序列或注释,Ensembl Plants都是你的不二之选!下面就给大家详细介绍一下如何使用Ensembl Plants进行BLAST。1️⃣ 首先,将你的蛋白序列直接粘贴到序列框中。注意,这里可以同时处理多达30个蛋白序列,为了避免混淆,记得给每个序列加上编号或名字。2️⃣ 在比对库和序列...
Ensembl Plants 来自 Semantic Scholar 喜欢 0 阅读量: 991 作者: B Dan 摘要: Ensembl plants are a genome centric platform for visualisation and analysis of plant genomics data. It hosts assembly, sequence,expression, variation and comp... DOI: 10.1002/9780471650126.dob0887 年份: 2004 ...
要注意的是,找动物基因组和找植物基因组的地址是不一样的。 1、链接地址 植物入口: http://plants.ensembl.org/index.html 动物入口: http://www.ensembl.org/index.html 2、点击“BioMart”进入 3、选择版本 植物的在下拉菜单中选择“Plant Mart”: 动物的在下拉菜单中选择“Ensembl Genes 85”: 4、选择物...
Ensembl Plants (http://plants.ensembl.org ) is an integrative resource presenting genome-scale information for a growing number of sequenced plant species (currently 33). Data provided includes genome sequence, gene models, functional an …more Ensembl Plants (http://plants.ensembl.org ) is an...
Ensembl PlantsEnsembl plants are a genome centric platform for visualisation and analysis of plant genomics data. It hosts assembly, sequence,expression, variation and comp...doi:10.1002/9780471650126.dob0887Dan BolserAmerican Cancer Society
Ensembl Plants is a part of Ensembl Genomes [ 8 ], a genome centric resource, that utilizes reference genome sequences as a framework to integrate variant, functional, expression, marker, and comparative data for a number of plant species through a consis- ...
一些常用的物种列在首页 拟南芥,水稻,玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击:View full list of all Ensembl Plants species ;可以得到所有物种的列表; 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面; 可以看到拟南芥基因组的介绍信息: 3.下载参考基因组:点击Download DNA sequence (FASTA) 一般我们下载*toplevel.fa.gz文件...
最后简单介绍一下Ensembl网站,以上分析用到的网站是Ensembl的主网站,里面主要收录的是脊索动物的数据,它还有其他5个子网站,分别是Ensembl Bacteria、Ensembl Fungi、Ensembl Plants、Ensembl Protists、Ensembl Metazoa。大家如果在主网站找不到自己想要下载同源基因的物种,可以在这些子网站寻找自己研究的物种,然后进行同源基因...
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一些常用的物种列在首页 拟南芥,水稻,玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击:View full list of all Ensembl Plants species ;可以得到所有物种的列表; 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面; 可以看到拟南芥基因组的介绍信息: 3.下载参考基因组:点击Download DNA sequence(FASTA) ...