2)Structures,包括基因的位置信息,如所在染色体,起始-终止位置等,以及还有外显子的位置信息,编码位置信息等等; 3)Homologues,包括三部分信息:该物种基因的信息;该物种基因与其他物种的同源基因对应,不同数据库对应;该物种的旁系同源基因信息等等; 4)Variant(Germline),包括基因的信息以及该基因上的变异信息,变异来源以...
查找参考基因组得常用数据库 1.Ensembl 是由European Bioinformatics Institute(EBI)与Wellcome Trust Sanger Institute(WTSI)共同合作开发的数据库项目。涵盖大量物种的参考基因组信息,并且数据更新及时,是参考基因组下载的好选择。 动物参考基因组:http://asia.ensembl.org/index.html 植物参考基因组:http://plants.ens...
Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例: 1.进入网站:http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥,水稻,玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击:View full list of all Ensembl Plants species ;可以得到所有物种的列表; 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面; 可以看到拟南芥基...
https://plants.ensembl.org/info/docs/api/general_instructions.html Ensembl Compara数据库中有多物种基因组比对结果,有DNA序列水平的Whole genome alignment和共线性结果,以及基因水平的进化树和同源基因预测 image.png 通过Compara API从数据库中获取数据,对于脊椎动物的基因组比对结果,可以直接参照官方教程获取,而对...
ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/ #植物 2.Gencode数据库 最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。 关于注释文件,推荐先阅读Jimmy大神的这篇文章(http://www.biotrainee.com/thread-30-1-1.html),顺便说一下,几乎所有新手遇到的问题,都能在Jimmy大神的帖子里找到答案!
最后简单介绍一下Ensembl网站,以上分析用到的网站是Ensembl的主网站,里面主要收录的是脊索动物的数据,它还有其他5个子网站,分别是Ensembl Bacteria、Ensembl Fungi、Ensembl Plants、Ensembl Protists、Ensembl Metazoa。大家如果在主网站找不到自己想要下载同源基因的物种,可以在这些子网站寻找自己研究的物种,然后进行同源基因...
如果蝇的基因,可在Ensembl Metazoa库中查找: 水稻的基因,则应在Ensembl Plants库中查找: Ensembl根据物种类型划分的各数据库网址如下,供大家参考: 看到这里,您是否对在Ensembl数据库查找目标基因序列的方法有所了解了呢?
Combining information held in Ensembl with the related Ensembl Genomes resource for the genomes of bacteria,fungi21(真菌), plants,metazoa(后生动物,复细胞动物)andprotists(原生动物)launched by EMBL-EBI last year, every sequenced genome provides anotherjigsaw22(线锯,镂花锯)piece in cataloguing the gene...
http://plants.ensembl.org/index.html 动物入口: http://www.ensembl.org/index.html 2、点击“BioMart”进入 3、选择版本 植物的在下拉菜单中选择“Plant Mart”: 动物的在下拉菜单中选择“Ensembl Genes 85”: 4、选择物种 植物的在下拉菜单中选择物种: 动物的也是在下拉菜单中选择物种: 5、进入数据,选择...
如果蝇的基因,可在Ensembl Metazoa库中查找: 水稻的基因,则应在Ensembl Plants库中查找: Ensembl根据物种类型划分的各数据库网址如下,供大家参考: 看到这里,您是否对在Ensembl数据库查找目标基因序列的方法有所了解了呢?