使用EnhancedVolcano包可视化火山图 火山图是用来展示差异表达的基因或者物种,其常常出现RNA-seq,amplicon-seq分析的结果中。其主要根据差异分析结果的p值和Fold change值进行展示结果。 介绍 标准的火山图常用来展示差异分析的结果,它具有两个指标: 差异表达的显著性值:p值或基于p值得adjust-P(差异分析过程涉及到多重...
今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表,可以说非常简单又实用的一款神...
【1】lncRNA的拷贝数变异下游相关分析 【2】R可视化:ggstatsplot包—科研界的美图秀秀 【3】随机森林算法用于分类预测和筛选诊断标志物 【4】基于本地Java版GSEA的输出结果整合多个通路到一张图 【5】基于岭回归模型和基因表达矩阵估算样本对药物反应的敏感性 【6】基于R包NMF对样本进行分型分析 【7】DALEX包用...
导语 GUIDE ╲ 火山图是一种对差异表达分析结果进行可视化的常用方法。 背景介绍 今天小编给大家带来的是一个强大的火山图绘制工具--EnhancedVolcano,用户可以通过颜色、形状、大小、环绕和阴影等参数对火山图进行个性化的调节,并且可以有效地插入基因名,避免发生数据点重叠的情况。 R包安装 代码语言:javascript 复制 if(...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install("EnhancedVolcano") install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
2.1 最基础的火山图绘制 对于多数基础火山图而言,仅有单个数据框、数据矩阵或三列数据结果即可,包括标签、log2FC和校正或未校正的P值,其中默认log2FC的阈值为|2|; 默认 P值阈值为10e-6. EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2FoldChange', ...
对于最基本的火山图,只需要一个包含labels、log2FC 和校正或未校正的 P 值的 数据框或 矩阵。 log2FC 的cutoff是>|2|; P 值的默认cutoff为10e-6。 EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2FoldChange', y = 'pvalue')
火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象。使用EnhancedVocalno包绘制的火山图基...
# 基础版火山图 EnhancedVolcano(mydata, x = "log2FoldChange", y = "pvalue", lab = mydata$Gene) # 基因名 上图为默认参数画出的火山图。代码相对而言简单不少。比如,不再需要自行计算-log10后的p值;再如,默认加上了三条辅助线将所有基因(点)分组,让基因表达的差异能更直观展现。
绘制最基本的火山图 EnhancedVolcano(res1, lab = rownames(res1), x = 'log2FoldChange', y = 'pvalue', xlim = c(-5, 8)) 高级功能 实际上,可以配置EnhancedVolcano图的所有方面,以适应所有类型的统计分布和标签首选项。默认情况下,EnhancedVolcano将仅尝试标...