箭头指向的红框是组间比较,根据Fold changes值设置富集方向,并在图中表示出来; DataFrame的红框部分是火山图的坐标轴, FoldChange是x轴,padj是y轴(可以对其取 ); 实操 读取数据: library(dplyr)library(tibble)library(ggplot2)library(EnhancedVolcano)# pre-run : save(miRNA_Deseq2, file="../../Result/D...
EnhancedVolcano(res,lab=rownames(res),x='log2(Fold_change)',y='p-value',xlim=c(-4,4),ylim=c(0,15),title='A versus B',pCutoff=10e-3,FCcutoff=1.5,xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),ylab=bquote(~-Log[10]~adjusted~italic(P)),transcriptPointSize=3.0,transcriptLabSize=3.0,colAlp...
今天小编给大家带来的是一个强大的火山图绘制工具--EnhancedVolcano,用户可以通过颜色、形状、大小、环绕和阴影等参数对火山图进行个性化的调节,并且可以有效地插入基因名,避免发生数据点重叠的情况。 R包安装 代码语言:javascript 复制 if(!requireNamespace('BiocManager',quietly=TRUE))install.packages('BiocManager')Bi...
(火山图其实就是一种特殊的点图) 2. 安装 if(!requireNamespace('BiocManager',quietly=TRUE))install.packages('BiocManager')BiocManager::install('EnhancedVolcano')# to install development version:# devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 3. 绘图 数据准备 library(airw...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install("EnhancedVolcano")install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
EnhancedVolcano(mydata, x = "log2FoldChange", y = "pvalue", lab = mydata$Gene) # 基因名 上图为默认参数画出的火山图。代码相对而言简单不少。比如,不再需要自行计算-log10后的p值;再如,默认加上了三条辅助线将所有基因(点)分组,让基因表达的差异能更直观展现。
一般我们用ggplot2 绘火山图 ,但是ggplot2对于R初学者来说配置是很复杂的。EnhancedVolcano是一个使用极其简单的火山图绘制包。 # 安装EnhancedVolcano if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)) install.packages('BiocManager') BiocManager::install('EnhancedVolcano') ...
绘制最基本的火山图 EnhancedVolcano(res1, lab = rownames(res1), x = 'log2FoldChange', y = 'pvalue', xlim = c(-5, 8)) 高级功能 实际上,可以配置EnhancedVolcano图的所有方面,以适应所有类型的统计分布和标签首选项。默认情况下,EnhancedVolcano将仅尝试标...
EnhancedVolcano:具有增强着色和标签的出版就绪火山图 凯文·布莱格、莎米拉·拉纳、迈尔斯·刘易斯 2021-07-23 介绍 火山图代表了一种可视化差异表达分析结果的有用方法。 在这里,我们提出了一个高度可配置的函数,该函数可生成可用于发布的火山图。 EnhancedVolcano(Blighe、Rana 和 Lewis 2018)将尝试在绘图窗口中放置尽...
1.手把手教你绘制火山图 2.火山图怎么看 3.R一行代码搞定火山图转藏 分享 献花(0) 来自: 生信交流平台 > 《待分类》 举报/认领 0条评论 写评论... 发表 请遵守用户 评论公约类似文章 吃了夏至饭一天短一线 吃了夏至饭一天短一线。俗话说,“吃过夏至面,一天短一线”。夏至,是一年中白昼最长、夜晚...