读取数据: library(dplyr)library(tibble)library(ggplot2)library(EnhancedVolcano)# pre-run : save(miRNA_Deseq2, file="../../Result/Differential_expression/RNA_DEseq2.RData")load("../../Result/Differential_expression/RNA_DEseq2.RData") 画图函数: 设置富集方向标签; 设置差异RNA的名称; Volcanof...
首先,我们先来介绍一下EnhancedVolcano 输入数据格式。EnhancedVolcano包可以使用多种差异算法(例如DESeq2等)的结果作为输入,数据中需包含log2FC、Pvalue或(和)qvalue结果,示例数据如下: 2.2 基础绘图 代码语言:javascript 复制 library(EnhancedVolcano)res<-read.table(diffexpress,sep="\t",head=T,row.names=1,che...
复制 EnhancedVolcano(res,lab=rownames(res),x='log2FoldChange',y='pvalue',selectLab=c('VCAM1','KCTD12','ADAM12','CXCL12','CACNB2','SPARCL1','DUSP1','SAMHD1','MAOA'),xlab=bquote(~Log[2]~'fold change'),pCutoff=10e-14,FCcutoff=2.0,pointSize=4.0,labSize=6.0,labCol='black',l...
EnhancedVolcano(res,lab=rownames(res),x='log2FoldChange',y='pvalue',xlim=c(-6,6),title='N061011 versus N61311',subtitle=paste0('p-value cutoff (red line) drawn ','at equivalent of adjusted p=0.0001'),pCutoff=0.0001,FCcutoff=1.5,pointSize=3.0,labSize=6.0,colAlpha=1,cutoffLineType=...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install("EnhancedVolcano")install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano,该包画出来的火山图效果非常不错,火山图的颜值非常高,下面尝试一下,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install("EnhancedVolcano") install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 ...
☞EnhancedVolcano绘制火山图 ☞【粉丝作业】火山图展示ChIP-Seq peak结果 ☞【R】绘制差异lncRNA的火山图 火山图一般是用来展示差异表达分析的结果,如果我们的样本有多组,一般我们会进行两两之间的比较,然后绘制多个火山图。或者我们对多套数据进行差异表达分析,也会得到多个火山图。最终展示出来类似下面这种图 ...
library(EnhancedVolcano)res <- read.table(diffexpress, sep="\t", head=T, row.names=1, check.names=F, quote="") EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2(Fold_change)', y = 'p-value', xlim = c(-4, 4))
添加label边框EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2FoldChange', y = 'pvalue', selectLab = c('VCAM1','KCTD12','ADAM12', 'CXCL12','CACNB2','SPARCL1','DUSP1','SAMHD1','MAOA'), xlab = bquote(~Log[2]~ 'fold change'), pCutoff = 10e-14, FCcutoff = 2.0, ...
setwd("C:/Users /Desktop/ EnhancedVolcano") data<-read.table("volcano.xls",header=T) 使用的数据data如下,我们绘图仅需要id、log2FC、Pvalue(或FDR)这三列数据即可。 #默认原始参数绘制基本火山图: EnhancedVolcano(data, x="log2FC", y="Pvalue", ...