UCLA的Xinshu (Grace) Xiao, Ph.D.用ENCODE的RNA-seq找出622个GMAS (影响可变剪切的内含子SNV标签),又用ENCODE的eCLIP-seq数据阐释了GMAS的调控机理。 DNA序列的改变可能导致:本来应该结合的剪切因子无法结合 下面是研究RNA剪切加工的理想实验设计: 细胞核里带PolyA的RNA; 细胞质里带PolyA的RNA; 细胞核里不带Po...
RNA结合实验:eCLIP(349), RNA bind-n-seq (158), RIP-seq(158), RIP-chip(32), iCLIP(6) ,Switchgear (2)。转录本鉴定及注释实验:RAMPAGE (155), CAGE (78), RNA-PET (31), microRNA-seq (114), microRNA counts (114), more classical RNA-seq (900) ,RNA-microarray (170), 这其中112 ...
研究者们建立了一个水稻多元表观基因组数据的数据库RiceENCODE（http:/glab.hzau.edu.cn/RiceENCODE/），使用包括ChIP-seq、FAIRE-seq、MNase-seq、ATAC-seq、ncRNA-seq、RNA-seq，Hi-C和ChIA-PET等技术检测，共计972套水稻高通量组学数据，涉及三维染色质相互作用、组蛋白修饰、染色质状态、染色质可及性、DNA...
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。 数据统计 目前ENCODE数据不止是包括...
在整个胚胎发育过程中,研究团队以组织水平对17个小鼠组织进行RNA表达定量,并以单细胞水平对处于发育肢体进行RNA表达定量。通过单细胞RNA-seq对组织水平转录组进行解析,发现神经发生和造血过程相关的基因在基因和细胞水平上均占主导地位。 5....
RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。 数据统计 目前ENCODE数据不止是包括人的数据,现在包含了四种物种的数据,...
DNase-seq, ATAC-seq: 了解染色体的开放程度 转录位点活性检测 RAMPAGE:转录起始位点 (TSS) 的识别和转录表达的量化 ChiA-PET 和 Hi-c: 基因组在三维空间的变化 RNA-seq: GETx正常组织的基因表达结果 除了包括以上数据之外,ENCODE还综合了DNase-seq 和 H3K4me3、H3K27ac、 CTCF ChIP-seq测序内容最后汇总成一个...
RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。 数据统计 目前ENCODE数据不止是包括人的数据,现在包含了四种物种的数据,主要含有:人、老鼠、蠕虫、苍蝇这四个...
作者们利用单细胞RNA-seq对组织水平转录组进行解析,发现神经发生和造血过程相关的基因在基因和细胞水平上均占主导地位。进一步地,作者们聚焦于发育中的肢体,使用单细胞RNA数据识别了包括祖细胞和分化细胞在内的25种细胞类型并通过计算推断谱系关...
RNA-Seq 技术 ▲ DNase-Seq、FAIRE-Seq、ATAC-Seq、ChIP-Seq 和MNase-Seq 技术的作用方式(Mayer & Liu,2014) 在ENCODE 计划中,科学家得到什么 ▋80%的基因组与生化有关 最初,科学家们曾经认为生物体内的基因组中,只有部分基因发挥着生物学功能;也就是说...