对样本进行histoneChIP-seq和DNase-seq/ATAC-seq测序,然后通过峰预测(Peakcalling)找到增强子的位置,这也是鉴定增强子的主要方法。而细胞系相对均一,组织的数据更为复杂。本工作就逐步探索如何通过ChIP-seq,DNase-seq数据更好预测样本中的增强子。 数据 本文所用测序数据都是ENCODE公共数据。本工作选取了8种小鼠胚胎发育...
对样本进行histoneChIP-seq和DNase-seq/ATAC-seq测序,然后通过峰预测(Peakcalling)找到增强子的位置,这也是鉴定增强子的主要方法。而细胞系相对均一,组织的数据更为复杂。本工作就逐步探索如何通过ChIP-seq,DNase-seq数据更好预测样本中的增强子。 数据 本文所用测序数据都是ENCODE公共数据。本工作选取了8种小鼠胚胎发育...
转录本鉴定及注释实验:RAMPAGE(155), CAGE(78), RNA-PET(31), microRNA-seq (114), microRNA counts (114), more classical RNA-seq (900) ,RNA-microarray (170), 这其中112 个实验是在单细胞水平开展。Transcription factor ...
Step2. 选择感兴趣的实验方法以及细胞系 这里我们选择的是ChIP-seq,种属选择Homo sapiens,细胞系选择的是HepG2,选择histone来研究组蛋白的各种修饰。 GRCh38,hg19等都是人类的参考基因组序列。代表了不同的组装版本代号。目前最常用的人类基因组参考序列版本号是GRCh38。 Step3. 链接到UCSC genome browser 选择完成...
DNA-protein interactions have traditionally been profiled via chromatin immunoprecipitation followed by next-generation sequencing (ChIP-seq). Cleavage Under Targets & Tagmentation (CUT&Tag) is a rapidly expanding technique that enables the profiling of such interactions in situ at high sensitivity. ...
ChIP-seq preferred for functional information 原始数据: DHSs H3K4me3 H3K9ac H3K27ac H3K4me1 处理后数据: Enhancer TFBSs 主要是ChIP-seq(immunological assays)占了很大一类,把它搞懂就行。 另一类non-immunological assays:ATAC-seq, MNase-seq, DNase-seq, and FAIRE-seq。
RNA-seq pipelines RAMPAGE pipeline Chromatin pipelines(Histone ChIP-seq Pipeline/Transcription Factor ChIP-seq Pipeline) Methylation pipeline(WGBS Pipeline Overview) 官网的数据下载,做得像是一个购物网站,大家可以根据自己的需求把数据添加到购物篮,然后统一下载。 This document describes what data are available...
ENCODE计划的第三阶段(2012-2017)在前期利用CHIP-seq、RNA-seq等技术的基础上,增加了新的分析技术包括ChIA-PET以及Hi-C,用于绘制染色质的三维结构全景图。ENCODE计划的第二阶段和第三阶段在500多种细胞类型和组织中共计进行了9,239项实验(其中人类7,495项,小鼠1,744项),包括对转录区域、转录本可变剪接、蛋白/...
DNase-seq, ATAC-seq: 了解染色体的开放程度 转录位点活性检测 RAMPAGE:转录起始位点 (TSS) 的识别和转录表达的量化 ChiA-PET 和 Hi-c: 基因组在三维空间的变化 RNA-seq: GETx正常组织的基因表达结果 除了包括以上数据之外,ENCODE还综合了DNase-seq 和 H3K4me3、H3K27ac、 CTCF ChIP-seq测序内容最后汇总成一个...
ENCODE ChIP-seq pipeline. Contribute to ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 development by creating an account on GitHub.