GC3s为横坐标绘制二维散点图,以密码子使用偏好性完全由碱基突变决定时的预期值作为标准曲线进行ENc-plot分析,标准曲线计算公式为:ENc= 2 + GC3s + 29/[GC3s2 + (1 -GC3s)2][18];以各条CDS序列的A3/(A3+T3)为纵坐标,G3/(G3+C3)为横坐标作散点图进行PR2-plot分析,散点图...
df1<-data.frame(A=x,B=y) df<-data.frame(GC3s=sample(seq(0,1,by=0.05),15), ENC=sample(1:60,15)) 绘图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+geom_line(size=1)+ geom_point(data=df,aes(x=GC3s,y=ENC))+xlim(0,1)+ ylim(0,70)+labs(x="GC3s",y="ENC")+theme_bw...
使用R语言的ggplot2包绘制密码子偏向性分析中的ENC-plot 将数据整理到excel中,第一列GC3s,第二列ENC值,然后复制到剪切板,通过read.table()函数读入 df<-read.table("clipboard",header=T)自定义理论ENC计算函数ENC<-function(x){return(2+x+29/(x^2+(1-x)^2))}生成绘制曲线需要的数据 ...
> ENC<-function(x){return(2+x+29/(x^2+(1+x)^2))} > x<-seq(0,1,by=0.005) >y<-ENC(x) > df1<-data.frame(A=x,B=y) >ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+geom_line(size=1)+geom_point(data=df,aes(x=GC3s,y=ENC))+xlim(0,1)+ylim(0,70)+labs(x="GC3s",y="ENC")+theme...