今天这款介绍的数据库EMBL-EBI背景比较特殊,且听西西慢慢道来~ EMBL(European Molecular Biology Laboratory)是指欧洲分子生物学实验室,总部位于德国海德堡,1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立,现在由欧洲30个成员国政府支持组成,目的在于促进欧洲国家之间的合作来发展分子生物学的基础研究和改进仪器设备、...
EMBL-EBI具有开放性、兼容性、综合性的特点,并使用专家注释系统提高数据质量。 ⑴Ensemble EMBL-EBI现有Ensembl和Ensembl Genomes基因组序列数据库(http://www.ensembl.org/index.html),其中Ensembl提供高质量、综合注释的脊椎动物基因组数据,Ensembl Genomes提供非脊椎动物全基因组数据,该数据库并不包含原核生物数据。En...
1. GenBank：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）管理，自1982年起运营，是全球最大的公共核苷酸序列数据库之一，收纳了数百万条来自世界各地的DNA和RNA序列，涵盖众多生物体的基因组、转录组和蛋白质组数据。2. EMBL-EBI：由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）管理，成立于上世纪80年代末，收集了大量来...
网址:https://www.ebi.ac.uk/gwas/home; 打开页面如上,我们可以直接搜索表型,rsID,染色体编号,基因名等;一般我们直接搜索表型就行,这里我们就以Examples中的breast carcinoma为例进行搜索。 GWAS-Catalog下载 搜索结果如下所示: 第一个便是我们要找的目标表型,点击,得到的内容主要有三个方面,表型介绍,研究涉及到...
EMBL-EBI是欧洲分子生物学实验室(EMBL)的一部分,它是一个世界领先的生物信息学中心,为科学界提供生物数据,具有数据存储、分析和表示方面的专业知识。EMBL-EBI免费提供生命科学实验数据,进行计算生物学基础研究,并提供广泛的用户培训计划,支持学术界和工业界的研究人员。 工作职责: 开发和应用计算方法和工具,从单细胞和...
蛋白查询数据库EMBL-EBI 蛋白家族检索数据库:Pfam 33.1(2020年5月,18259个条目)[http://pfam.xfam.org/]。 Pfam数据库是大量蛋白质家族的集合,每个蛋白质家族都由multiple sequence alignments和hidden Markov models (HMMs)表示。 蛋白质通常由一个或多个功能区(通常称为结构域)组成。域的不同组合产生了自然界...
一个存储库,用于存放我对embl-ebi设置的三个技术测试的解决方案。 任务1-机器资源分配 第一项任务的解决方案已在python中完成。 可以在embl-ebi-technical-test/task-1-machine-calculation/ 。 它需要一个虚拟环境才能运行,因为它使用了多个第三方软件包。 要通过终端创建虚拟环境,请导航至embl-ebi-technical-test...
Pairwise Sequence Alignment是EMBL上用于识别两个生物序列间可能存在的功能、结构或进化相似性区域的工具，具体网址为 ebi.ac.uk/Tools/psa/。进入页面后，Pairwise Sequence Alignment提供全局序列比对、局部序列比对和基因组序列比对三种比对方式。以下以全局序列比对为例进行介绍。点击页面中红色标注的超链接...
Johanna McEntyre 博士曾在英国曼彻斯特城市大学获得植物生物学博士学位,自2009年起,她一直担任 EMBL-EBI 文献服务团队负责人,是 EMBL-EBI Services 负责数据资源的高级研究员和副主任。在加入 EMBL-EBI 之前,她曾是美国国立卫生研究院国家医学图书馆NCBI的资深科学家,负责各种与文献相关的资源和网站的可用性,并且在 ...