目前除了将全基因组测序(WGS)、高通量染色质空间构象捕获测序(Hi-C)、三代测序(Third-generation sequencing)三种方法联合解读的策略,没有很好的办法对ecDNA的序列信息以及三维空间构象信息进行解读。 为了满足科研和临床上对ecDNA等多种类型...
作者在解决了如何从数据中区分出ecDNA与HSR之后,接着研究生物问题,作者们研究了在GBM39细胞抗药性建立过程中,ecDNA的消失、出现及边界变化, nbt 2024 Droplet Hi-C enables scalable, single-cell profiling of chromatin architecture inheterogeneous tissues 也可以在胶质母细胞瘤样品中检测到患者特异性的ecDNA。 更多...
目前,ecDNA的研究尚处于探索阶段,常用的ecDNA检测方法主要基于bulk水平的全基因组测序数据和环状DNA测序数据,缺少在单细胞分辨率下检测ecDNA的方法.因此,本研究旨在构建一个基于单细胞ATAC-seq (Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)数据检测肿瘤细胞中ecDNA扩增子的全新方法—ecDNA-...
ecDNA的多样性和原癌基因的表达 通过单分子基因组测序以及HiCHIP实验,发现了ecDNA一级序列的广泛多样性,包括可以预测限制顺式细胞与远端调控元件接触的结构变异。而稳定的转录与ecDNA中增强子的组合使用有关。ecDNA分子在空间上的互作,可以实现载体基因的稳定转录。 图3 单分子基因组测序和HiCHIP分析ecDNA分子特性 04 BET...
本研究利用单细胞ATAC+转录联合检测,单分子测序和Chip-seq揭示了ecDNA在没有转录的情况下持续存在,并促使癌基因结构多样化,具有和DNA相互作用的能力。而ecDNA枢纽,主要通过蛋白质平台进行协同转录,可作为癌基因功能、协同进化和癌症治疗新靶点的单位。 研究结果...
采用本发明所述用于肺癌早期诊断的生物标志物检测试剂能够从疑似患者血液或体液中针对性的获取外泌体ecdna生物标志物c-myc、egfr和cyclind1,并与对照样本的正常表达量进行差异化的关联性分析以设置判断标准,在区分早期肺癌患者的应用中具有快速、无伤害、高准确率、高特异性的效果,特别是可用于结合影像学检测提高肺癌早...
1科学家在观察癌症患者的癌细胞分裂过程时发现在常见的染色体外存在一些细小的颗粒状的DNA和蛋白质复合物被称为“染色体外DNA”即ecDNA,而在正常细胞中几乎从未检测到。ecDNA不容易被降解不含着丝粒。ecDNA±含有高度活跃的癌基因它们更易被激活发生转录。此外,ecDNA可以让两个本来很远的DNA片段连接在一起从而实现了超...
1【题目】《NAT ure》杂志上发表的一篇研究表明,在人类肿瘤细胞中发现大量如“甜甜圈”般的环状细胞质DNA(eCDNA),而在正常细胞中几乎从未检测到。eCDNA不容易被降解,其上普遍带有癌基因。eCDNA可以让两个本来很远的DNA片段连接在一起从而实现了超远距离的相互作用增强癌基因的表达。下列叙述错误的是 A.癌细胞分裂产...
科学家发现几乎40%的癌症类型和近90%的脑部肿瘤异种移植模型均含有大量“甜甜圈”般的环状DNA (ecDNA) ,而在正常细胞中几乎从未检测到。存在于染色体外的ecDNA没有着丝粒,有利于较远距离的“增强子”发挥作用。下图为ecDNA的形成过程及增强子与致癌基因相互作用的示意图。下列叙述,错误的是( ) A. 环状结构加强了...
科学家在观察癌症患者的癌细胞分裂过程时发现,在常见的染色体外存在一些细小的颗粒状的DNA和蛋白质复合物,被称为“染色体外DNA”即ecDNA,而在正常细胞中几乎从未检测到