数据转换完成后，通过处理 JSON 文件提取信息并存为 CSV。使用 Python 代码提取 drug id、drug name、type 及靶点的 uniprot id 和 target name，输出为 items.csv 文件。JSON 文件结构包含 "drugbank" 顶层键，下一层为 "drug"，包含所有药品信息。每个 drug 包含多个标签，如 name、id、targets 等。
...在我们从DrugBank获得一种药物的通道(KEGG ID)后,我们可以使用KEGG数据库将KEGG ID转换为相应的药物通路信息。药物的靶标和酶直接从数据库中获取。...4.5案例研究 作者使用来自DrugBank的数据集中的所有DDIs和它们的事件来训练预测模型,然后对其他药物-药物对进行预测。
drugbank相关数据的处理,包括获取药物sdf结构文件,drug相关信息,drug作用相关蛋白信息,drugbank中drug id与其他数据库的映射,protein蛋白相关信息到其他数据库的映射 - xiaomingaaa/drugbank
2.2 建立药物-靶标网络从6种常用数据(DrugBank、PharmGKB、ChEMBL、TTD、BindingDB、IUPHAR/BPS)收集了FDA批准或临床研究药物的高质量药物-靶标相互作用,...每种药物的化合物名称由MeSH和UMLS词汇表标准化,并进一步从DrugBank数据库转换为DrugBank ID,删除重复的药物对。...2.4 收集不良的药物-药物相互作用汇编了来...