10X Genomics Chromium和drop-seq都是基于液滴的单细胞测序技术,还有indrop技术也属于基于液滴的技术; 10X是商业化平台,且有配套软件cellranger,其余并没有商业化; 10X和inDrop都使用水凝胶(hydrogel beads),且bead上的引物是可释放的,drop-seq的bead用树脂(resin)制备;水凝珠是软可变形的,树脂是小而硬的; 由...
在Drop-seq中,反转录发生在珠子从液滴中释放后,而在InDrop和10X Genomics协议中,反转录发生在液滴内部。 珠子质量而言,InDrop和Drop-seq不及10X Genomics,因为前两者的细胞条形码包含明显的不匹配。此外,来自有效条形码的读取比例为10X Genomics为75%,InDrop为25%,Drop-seq为30%。 在灵敏性方面,对10X Genomics的...
如果需要使用人类基因组的参考文件,可以考虑使用 GATK 团队提供的资源包(https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890811-Resource-bundle),其中包含了多个版本的参考基因组和注释文件。 10X Genomics 也提供了已经处理好的基因组和注释文件。在其官网可以获得。 一般来说,参考基因组文件是一个 fasta...
The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq toolsversion 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to theENSEMBL release 84Mus musculusgenome. 10x Genomics data was processed using the same pipeline as for Drop-seq data,adjusting the barcode locations accordi...
dge.txt.gz格式简介 dge.txt.gz格式是Drop-seq format(一个单细胞RNA测序平台,三种常见基于液滴的单细胞RNA测序平台10X Genomics Chromium、inDrop和Drop-seq),也可能命名为.digital_expression.txt.gz。 D
单细胞数据目前除了10x的测序数据,还有相当一部分是drop-seq的测序数据。笔者在GEO上下载了一批drop-seq的数据,在网上查找了一下没有找到详细的分析流程,想到有些大神封装好的分析流程可能放在github上,果然在上面找到了好几个流程。笔者试了其中几个,有一个名为dropseqRunner的流程可以跑通,但是有些bug。笔者便在...
baseqDrops run-pipe --config ./config_drops.ini -g hg38 -p 10X --minreads 1000 -n 10X_test -1 10x_1.1.fq.gz -2 10x.2.fq.gz -d ./ Run by StepsWe also provide step-wise ways for running the pipeline, all the parameters should be provided as described above, an extra "--...
adtseq provides simple Rcpp methods to identify Antibody-Derived-Tags in single cell CITE/REAP-seq data scrna-seq 10x 10x-genomics scrnaseq drop-seq dropseq dropseqtools scrna-seq-analysis citeseq cite-seq Updated Jun 21, 2019 C++ Improve...
例单细胞 DNA 测序;2013 年,北京大学谢晓亮团队发明 MALBAC扩增技术;2014 年,美国富鲁达(Fluidigm)公司发布首个单细胞全自动制备系统;2015 年,哈佛医学院 McCarroll 牵头推出基于微滴包裹单细胞和捕获磁珠技术的Drop-Seq 技术, 美国细胞研究 公司的 Fodor 等人推出基于微孔板Micro-Well 技术;2016 年, 美国10x Genomi...
We address this need by presenting RainDrop for fast gene-cell count matrix computation from single-cell RNA-seq data produced by 10x Genomics Chromium technology. Results: RainDrop can process single-cell transcriptomic datasets consisting of 784 million reads sequenced from around 8.000 cells in ...