确保R和Bioconductor已安装: 首先,你需要确保你的系统上已经安装了R和Bioconductor。如果还没有安装,你需要先安装它们。 使用BiocManager安装DropletUtils: DropletUtils包可以通过Bioconductor进行安装。在R控制台中,你可以使用以下代码来安装DropletUtils: R if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install...
首先确定一个UMI阈值，默认为100，UMI数目低于阈值的定义为ambient RNA。每个droplet中相同基因的UMI数目总和为ambient RNA表达谱中该基因的UMI数目，得到所有基因的UMI数目。使用Good-Turing算法处理，生成每个基因的UMI数目比例的期望值。假设溶液中的转录本随机的封装到空载中，对于每个droplet来说，每个基因...
History 505 Commits .github/workflows R inst longtests man src tests vignettes .BBSoptions .gitignore DESCRIPTION NAMESPACE README.md Utilities for handling single-cell droplet datasets EnvironmentStatus BioC-release BioC-devel TheDropletUtilspackage provides a number of utility functions for handling si...
(64-bit) Running under: macOS High Sierra 10.13.6 Matrix products: default BLAS: /Users/luna/Software/R/R-3-6-branch-dev/lib/libRblas.dylib LAPACK: /Users/luna/Software/R/R-3-6-branch-dev/lib/libRlapack.dylib locale: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF...
R包DropletUtils使用 对于基于液滴(droplet-based)的单细胞测序,通常只保留包含且只包含一个细胞的液滴生成的数据。R包DropletUtils针对10X Genomics平台,根据观察到的每个液滴的表达谱与周围溶液的表达谱来区分空液滴(empty droplets,只含溶液中RNA)和含细胞的液滴。
//R包DropletUtils测试 模拟10X数据,并绘制barcode rank plot。 set.seed(0)my.counts<-DropletUtils:::simCounts()br.out<-barcodeRanks(my.counts)names(br.out)# Making a plot.plot(br.out$rank,br.out$total,log="xy",xlab="Rank",ylab="Total")o<-order(br.out$rank)lines(br.out$rank[o],...
引文(从R内,输入引用(“DropletUtils”)): 安装要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DropletUtils")对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
Installing DropletUtils '/mnt/data/program/R-3.5.0/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL '/tmp/RtmpmgESir/devtools35404cb6b249/MarioniLab-DropletUtils-cec27d4' --library='/mnt/data/program/R-3.5.0/library' --install-testsinstalling...