这段代码首先检查BiocManager是否已安装,如果没有,则安装它。然后,使用BiocManager来安装DropletUtils包。 验证安装是否成功: 安装完成后,你可以通过加载DropletUtils包来验证它是否成功安装。在R控制台中输入以下命令: R library(DropletUtils) 如果没有出现错误消息,说明DropletUtils包已经成功安装。 请注意,上述步骤是...
好吧,很明显,它没有分割和炸毁你的电脑,但输出不可能是任何合理的。这个新的错误是我试图保护人们免受自己的伤害,另见此处(https://github.com/MarioniLab/DropletUtils/issues/14)。 值得一提的是,CellRanger v3的单元格调用方法基于emptyDrops(),但经过了实质性的修改,具有自己的风格。据推测,他们做出这些修改...
TheDropletUtilspackage provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pse...
from URL https://api.github.com/repos/MarioniLab/DropletUtils/zipball/master Installing DropletUtils '/mnt/data/program/R-3.5.0/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL '/tmp/RtmpmgESir/devtools35404cb6b249/MarioniLab-DropletUtils-cec27d4' ...
假设溶液中的转录本随机的封装到空载中，对于每个droplet来说，每个基因的转录本被抽到的概率和期望值相同。使用Monte Carlo计算每个barcode的p-value。使用p-value可以筛选和ambient RNA有显著差异的barcode，但是有些情况下还能存在问题。ambient RNA是有很多破裂的细胞组成的，很难代表任何单一的细胞，但是...
set.seed(0)my.counts<-DropletUtils:::simCounts()br.out<-barcodeRanks(my.counts)names(br.out)# Making a plot.plot(br.out$rank,br.out$total,log="xy",xlab="Rank",ylab="Total")o<-order(br.out$rank)lines(br.out$rank[o],br.out$fitted[o],col="red")abline(h=metadata(br.out)$kn...
R包DropletUtils使用 对于基于液滴(droplet-based)的单细胞测序,通常只保留包含且只包含一个细胞的液滴生成的数据。R包DropletUtils针对10X Genomics平台,根据观察到的每个液滴的表达谱与周围溶液的表达谱来区分空液滴(empty droplets,只含溶液中RNA)和含细胞的液滴。
引文(从R内,输入引用(“DropletUtils”)): 安装要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DropletUtils")对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
Hi, I am performing combined analysis of three scRNA-seq samples using Cell Ranger and Seurat. I am trying to understand the purpose of downsampling the matrix/reads with DropletUtils if you are then going to normalize for cell sequencin...
Open Unable to install new version of DropletUtils #52 liron27 opened this issue Sep 29, 2020· 15 comments Comments liron27 commented Sep 29, 2020 Hi, I have tried to install the new version of the package using: devtools::install_github("MarioniLab/DropletUtils") and got the ...