在ggplot2中向DotPlot添加均值和胡须(误差线)可以通过以下步骤实现: 基础概念 DotPlot:一种用于展示数据分布的图表类型,通过点的位置表示数据的值。 均值:数据的平均值,用于表示数据的中心趋势。 胡须(误差线):用于表示数据的变异性或不确定性,通常包括标准差、标准误或置信区间。
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+geom_point(aes(size=`Percent expressed`,color=`Average expression`))+theme_bw()+theme(panel.grid=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5))+scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+labs(x=NULL,y=NULL...
既然已经拿到了数据,就用ggplot2自己来画吧 读入数据 data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T) head(data.final) 基本的散点图 ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+ geom_point() 用Average expression映射颜色,用Percent expressed映射点的大小 ggplot(data.final,aes(x=features.plot...
步骤3:使用ggplot2包创建Dotplot 通过ggplot函数开始构建图形,使用geom_dotplot添加点。 # 创建Dotplotdotplot<-ggplot(data,aes(x=类别,y=值))+# 定义x轴和y轴geom_dotplot(binaxis='y',stackdir='center',dotsize=1)+# 添加点图labs(title="Dotplot示例",x="类别",y="值")# 添加标题和标签 1. ...
2. image.png 基本的散点图 ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+ geom_point() 1. 2. image.png 用Average expression映射颜色,用Percent expressed映射点的大小 ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+ geom_point(aes(size=`Percent expressed`, ...
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+geom_point(aes(size=`Percent expressed`,color=`Average expression`)) image.png 接下来是设置主题的一些内容 包括 去掉灰色背景 调整坐标轴字体方向 去掉坐标轴标题 更改配色 ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+geom_point(aes(size=`Percent ...
关于单细胞气泡图的做法,我们写过很多很多,但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据,然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是ggplot2,所以这里我们决定就是用Dotplot函数,然后进行修饰,得到具有NCS质感的图片。 当然了,这篇内容对于高手来说没什么,但是对于一般学习者而言,我们解决的问题有:1...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot,VlnPlot和DoHeatmap集中 ,在Seurat中均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。之前scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图介绍了一种绘制惊艳umap图的方式;在跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不是你...
首先，读者可以利用Seurat包的DotPlot函数绘制基本点图，随后，通过调整颜色、大小、方向等参数，进一步美化点图。在Seurat中，可以利用ggplot2的特性，如`coord_flip`实现坐标翻转，通过`theme`调整坐标轴字体和角度，通过`guide`和`scale`调整图例和颜色等。这种调整使得点图更加符合科学文献中的风格，增加...
加载必要的R包(如clusterProfiler、enrichplot、ggplot2),完成KEGG富集分析后,使用dotplot函数生成基础图形。默认参数下,纵轴通路的标签可能因文本长度或条目数量导致间距拥挤,需针对性调整。 调整图形布局参数 1.纵轴标签边距:通过theme函数修改axis.text.y的边距参数margin,例如element_text(margin= margin(r = 15, un...