首先计算marker基因,然后使用seurat的DoHeatmap 函数绘制初始热图 代码语言:javascript 复制 all_markers<-FindAllMarkers(object=sce2)top5<-all_markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(5,avg_log2FC)##Seurat 初始热图DoHeatmap(sce2,top5$gene) 相较文献可调整( 1)anno的标签有无以及大小( 2)热图的颜色...
本文首发于 生信补给站 :scRNA分析| DoHeatmap 美化,dittoSeq ,scillus 一行代码出图,你PICK谁? 单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。比如 惊艳umap图: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞...
library(ComplexHeatmap) ``` 2.准备数据。将需要绘制热图的数据整理成矩阵形式,其中行表示不同的样本或条件,列表示不同的基因或特征。 3.调用`doheatmap`函数,并指定数据矩阵。例如: ```r doheatmap(data) ``` 其中,`data`是一个矩阵,包含需要绘制热图的数据。 4.可选参数。`doheatmap`函数提供了许多...
使用DoHeatmap时出现在绘图图例中的奇怪字符 可能是由于数据中存在特殊字符或编码问题导致的。DoHeatmap是一个用于生成热力图的函数,它可以根据数据的值在图表上显示不同的颜色,以展示数据的分布情况。 要解决这个问题,可以尝试以下几个步骤: 数据清洗:检查数据中是否存在特殊字符或非法字符,如空格、换行符等。可...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。比如 惊艳umap图: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图; DimPlot美化 scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这, DotPlot美化scRNA分...
在R语言中,DoHeatmap函数是Seurat包的一部分,用于绘制单细胞RNA测序数据的热图。要修改DoHeatmap生成的热图颜色,你可以使用ggplot2包的scale_fill_gradientn函数来调整热图的颜色映射。以下是一些步骤和示例代码,帮助你修改DoHeatmap生成的热图颜色: 加载必要的库: 首先,确保你已经加载了Seurat和ggplot2库。 R library...
DoHeatmap常用参数 常用参数 object:输入的seurat对象 features:要绘制的基因向量,可以是marker基因也可以需要可视化的基因集 cells:要绘制的细胞,默认是全部的细胞 slot = "scale.data":指定使用的数据,默认使用的是scale.data 分组信息及颜色 group.by = "ident":分组的依据,可以自行选择,默认是active.ident的内容...
最近在分析单细胞数据,用DoHeatmap画热图的时候遇到一个问题,列标签(也就是每个细胞亚群的名字)出界了,在最后保存的图片里面不能完整显示。从下面的热图中可以看到,最后一个亚群Platelet超出了绘图区域,无…
1. 使用DoHeatmap绘制Seurat自带热图 library(Seurat) library(dplyr) pbmc <- readRDS("pbmc.rds") #导入注释好的演示数据集 pbmc.markers <- FindAllMarkers(pbmc,only.pos = T,min.pct = 0.1,logfc.threshold = 0.25) top10 <- pbmc.markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(n=10,wt=avg_log2FC)...
筛选符合条件的差异基因想利用热图进行展示,选择了Seurat::Doheatmap函数,初始代码如下: DoHeatmap(DATA,features = c(genes),assay = "SCT",group.by="group")+scale_fill_gradientn(colors=c("gold2","white","coral1")) 出现的报错显示: “The following features were omitted as they were not found...