二Seurat 调整,美化 1,计算marker 基因 首先计算marker基因,然后使用seurat的DoHeatmap 函数绘制初始热图 代码语言:javascript 复制 all_markers<-FindAllMarkers(object=sce2)top5<-all_markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(5,avg_log2FC)##Seurat 初始热图DoHeatmap(sce2,top5$gene) 相较文献可调整( 1)...
因为DoHeatmap中默认slot = "scale.data",也就是用的数据是ScaleData后的结果数据集。而FindAllMarkers中默认slot = "data",也就是用的数据是NormalizeData后的数据集。 因此就可能会造成DoHeatmap画热图时,不在前2000个高变基因中的marker不出现在热图中。可以基于top基因重新scale,并且抽样展示,不展示全部的细...
本文首发于 生信补给站 :scRNA分析| DoHeatmap 美化,dittoSeq ,scillus 一行代码出图,你PICK谁? 单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。比如 惊艳umap图: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞...
基于seurat的基础上,同样也可以使用ggplot2 的一些函数进行美化 DoHeatmap(sce2, label = F ,# 不加labelfeatures =as.character(unique(top5$gene)),group.by="celltype",assay ="RNA",group.colors = c("#C77CFF","#7CAE00","#00BFC4","#F8766D","#AB82FF","#90EE90","#00CD00","#008...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。比如 惊艳umap图: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图; DimPlot美化 scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这, DotPlot美化scRNA分...
DimPlot美化scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这, DotPlot美化scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点图(Dotplot ),含二行代码出图方式, 本次介绍DoHeatmap 热图的美化。 (1)Seurat优化 (2)dittoSeq一键式 热图 (3)scillus一键式 热图