通过DNase-seq分析,可以揭示基因组的功能结构和转录调控网络。 二、实验准备与数据获取 样本制备: 选择合适的细胞或组织样本。 提取高质量的基因组DNA。 使用DNase I处理DNA样品,使其在超敏感位点处断裂。 文库构建与测序: 将处理后的DNA片段进行末端修复、加接头和扩增,构建测序文库。 使用高通量测序平台进行测序,...
首先,由于不具有特异性,DNase-Seq可一次性在全基因组范围内同时检测多种DNA蛋白的结合位点;其次,由于一次性检测多种DNA蛋白的结合位点,DNase-Seq大幅提高了检测效率并降低了检测成本,使大规模进行DNA蛋白结合位点检测成为可能;第三,更为重要的是,由于测序起始位置就是酶切位置,DNase-Seq对DNA蛋白结合位点的检测分辨率...
2.DNase I超敏感位点生物信息学分析流程 (1)首先,需要除去建库时的接头序列,然后将除去接头的数据和目标基因组进行比对。 (2)利用F.Seq对比对结果进行分析,输出wig格式文件以供后续GBrwose使用。如果F.Seq鉴定出的区域结果满足FDR<0.01的条件,则该位点为DNase I超敏感位点。 (3)再将DNase I超敏感位点与表达谱...
一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发实验室是我现在所在系的Anshul Kundaje。这两个pipeline也都是我现在老板做的ENCODE的产物。所做的,...
图9. ATAC-seq与Fluidigm C1单细胞平台整合的实验流程[14] 作者首先对254个类淋巴母细胞进行了单细胞ATAC测序,将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与群体细胞DNase-seq或ATAC-seq获得的染色质可及性图谱具有很高的相关性,单细胞水平的数据再现了一些群体细胞ATAC-seq数据反映出的染色质特征。
3.权利要求2所述的DNase I突变体的编码DNA,其特征在于:其序列如SEQ ID No.2所示。 4.权利要求1或2所述的DNase I突变体在高通量测序文库构建中的应用。 5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于其步骤包括: (1)基因组打断:在样本中加入权利要求1或2所述的DNase I突变体,进行基因组打断; (2)打断产物纯化...
2. DNase I超敏感位点生物信息学分析流程 (1)首先,需要除去建库时的接头序列,然后将除去接头的数据和目标基因组进行比对。 (2)利用F.Seq对比对结果进行分析,输出wig格式文件以供后续GBrwose使用。如果F.Seq鉴定出的区域结果满足FDR<0.01的条件,则该位点为DNase I超敏感位点。 (3)再将DNase I超敏感位点与表达谱...