其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。 一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表...
由于这类蛋白质都以二聚体形式与DNA结合，两个蛋白质α-螺旋上的亮氨酸一侧是形成拉链型二聚体的基础，然而亮氨酸拉链并不能直接结合DNA，只有肽链氨基端富含碱性氨基酸的结构域可以与DNA结合。⑤碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix（bHLH）)。该调控区长约50个aa残基，同时具有DNA结合和形成蛋白质二聚体的...
其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。 一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎...
问题一:ChIP-seq从样本准备到拿到测序结果整体流程是怎样的? 使用甲醛固定细胞,将DNA与蛋白质交联;裂解细胞、分离染色质,通过超声或酶处理将染色质随机切割;然后利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来;解...
DNA经常暴露于各种破坏性环境中,这对于保证基因组完整性是个巨大的挑战。长期的DNA-蛋白质交联(DNA-protein crosslink, DPC)是DNA分子的一种严重损伤,会导致复制叉停滞,抑制复制,正常细胞分裂被阻断,导致细胞死亡。 DPC可细分为酶促和非酶促两种类型。外源性和内源性原因都可能引起这两种类型的DPC。酶促反应DPC产...
1ChIPChIP是研究DNA与蛋白互作的传统经典方法，需要将样本进行甲醛交联后再用超声设备进行片段化处理，之后利用特异性抗体进行靶向富集，将富集得到的DNA进行建库测序分析即得到靶向蛋白质互作的DNA信息。2CUT&TagCUT&Tag是研究DNA与蛋白互作的新型技术，利用转座酶对抗体靶向区域进行切割，将切割得到的DNA序列可以一步扩增...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
染色质免疫共沉淀基本原理是在活细胞状态下,固定蛋白质-DNA(染色质)复合物,并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法(抗体亲和)沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,通过对目的片段的纯化与后期检测,从而获得蛋白质与DNA 相互作用的信息。
作者提出了CLAPE模型用于预测蛋白质‑DNA结合位点（图1），其包含三个核心模块，序列嵌入模块是根据ProtBert的预训练语言模型生成蛋白质序列表征。主干提取模块则是通过MLP, CNN等模型提取深层的蛋白信息。损失函数模块包括解决类别不平衡的focal loss及对比损失，并通过反向传播更新模型参数。基于预训练模型来提取特征可以...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...