认为strand-1无意义,估计是考虑到如果motif的方向反了,TF的方向也跟着反了,调控的不就是相反方向的基因了? 事实上是这样的吗? 高中物理老师告诉我们:你想的都是错的,只有算过才是对的。 2016年发表在BMC Genomics上的文章已经算过了。 The orientation of transcription factor binding site motifs in gene prom...
DNAmotifbindinghelixPDBproteinzipperturnfingerleucine 系统标签: dna结合蛋白络合物残基预测pdb DNADNA结合蛋白的分析和预测结合蛋白的分析和预测专业:应用化学导师:**化教授学生:熊文炜日期:2004年6月12号目录目录••引言引言••DNADNA结合蛋白结合蛋白••数据分析与编码方式数据分析与编码方式••结果讨...
CNN用于基因组学研究的最大优势之一是,它可以探测某一motif(指蛋白质分子具有特定功能的或者作为一个独立结构域一部分相近的二级结构聚合体)是否在指定序列窗口内,这种探测能力非常有利于motif的鉴定,进而有助于结合位点的分类 摘要: 我们提出了使用大量转录因子数据集预测DNA序列结合的CNN体系结构的系统探索。...
四、蛋白质-蛋白质相互作用界面(PPI):Binder设计核心知识点:RFdiffusion设计能有效介导蛋白间相互作用的Binder区域应用案例:1、ppi.hotspots:识别和利用PPI热点信息来定制Binder结构2、设计实例:针对指定骨架和/或特定motif的Binder结构创建 五、RFdiffusion中的对称性设计核心知识点:阐述如何在蛋白质结构设计中考虑并实现...
还有一些工具可以仅基于DNA序列信息作为输入即可预测调控元件之间的相互作用。PEP方法[33]整合了PEP-Motif和PEP-Word两个模型,通过从特定细胞类型的增强子和启动子位置提取序列特征来预测EPI。SPEID方法[34]应用深度神经网络(deep neural networks,DNN),根据增强子和启动子区域的序列特征来预测EPI。由于缺乏基于序列的通用...
One, two or four copies of the 'helix-hairpin-helix' (HhH) DNA-binding motif are predicted to occur in 14 homologous families of proteins. The predicted DNA-binding function of this motif is shown to be consistent with the crystallographic structure of rat polymerase beta, complexed with DNA...
By PCR amplification, we obtained evidence for the existence of additional gcm-motif genes in mouse as well as in Drosophila. The gcm-motif, therefore, forms a family of novel DNA-binding proteins, and may function in various aspects of cell fate determination. 展开 ...
We present an update of our method for systematic detection and evaluation of potential helix-turn-helix DNA-binding motifs in protein sequences [Dodd, I. ... IB Dodd,Egan J.Barry - 《Nucleic Acids Research》 被引量: 1051发表: 1990年 The helix-turn-helix DNA Binding motif Author informati...
DNA-Binding Domains DNA bindingis specified by a large number of disparate, and often modular,protein motifs. Within any particular class of motif, the degree of sequence selectivity is highly variable, for example, among proteins with the helix–turn–helix motif, thelacrepressorshows a high deg...