甲基化测序数据的分析大体包括测序数据质控、数据预处理、比对、比对统计、差异分析等几个步骤。本文主要总结了每个步骤的主要作用及常用的软件。 数据预处理和质控 甲基化测序数据以FASTA/FASTQ格式进行reads序列存储,数据预处理包括对reads和接头修剪。 reads修剪:通过修剪质量分数较低的碱基来减少甲基化的识别错误; 接头...
1.新增差异甲基化位点(DML)分析 新流程增加了对差异甲基化位点(DML)的鉴定,通过p-value筛选显著DML,并对其注释。对DML锚定区域(如promoter、exon、intron、CGI、CGI shore、repeat、TSS、TES等)区分高甲基化DML(hyper)与低甲基化DML(hypo),将其分布情况进行统计及图片展示,并对DML/锚定promoter区域相关基因进行GO...
可以在所有背景中(CpG、CHG和CHH)向甲基化样本中添加带有未甲基化C的Spike序列,然后计数未甲基化C和T数量,并计算添加序列的转化率。 同时,由于估计过低导致的偏差会捕获到假阴性的甲基化位点。例如,通过酶介导的碎片化双链DNA末端修复会在片段两端引入未甲基化的C,从而导致人为的甲基化水平低估。这在M-bias图中反...
利用RRBS+oxRRBS鉴定牦牛和牛的大脑、脑干、小脑、下丘脑的基因组5mC和5hmC位点,绘制基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱,并进行DNA甲基化/羟甲基化差异化分析和对应转录组的关联分析。 结论: 本研究利用RRBS+oxRRBS技术发现牦牛和牛的下丘脑和其他大脑区域的5mC和5hmC存在显著差异,鉴定出差异甲基化区域(DMR)和差异羟...
和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点,包括CpG、CHG、CHH三种context,H代表非G位点(A、C、T)。得到bedgraph文件后将个样本汇总为一个GR (GenomicRanges)文件,便于后续分析 一、质控、去接头 1. fastqc 质控 ...
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揭示单细胞甲基化特征:单细胞DNA甲基化数据反映了单个细胞的表观遗传特征。通过精细的数据处理和分析流程,我们可以揭示不同细胞类型或状态下的甲基化模式,进一步理解其在细胞发育、分化、疾病发生发展中的作用。 挖掘关键基因和调控网络:通过对单细胞甲基化数据的深入分析,我们可以发现调控基因表达的甲基化差异区域,进一步...
样品检测通过琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度和污染情况，使用Qubit 2.0对DNA浓度进行定量。文库构建涉及Bioruptor系统处理基因组DNA，T4 DNA聚合酶、Klenow片段和T4多核苷酸激酶的混合物进行修复和钝化，Klenow片段进行3'腺苷酸化，与连接5'-甲基胞嘧啶的衔接子进行连接，最后用磁珠纯化DNA。文库质检包括Qubit2...
检测DNA甲基化的方法 三种方法 ①BS方法:Bisulfite-conversion(WGBS/RRBS/Beadchip) ②限制酶的方法 ③富集的方法:MeDIP DNA甲基化数据分析流程及方法 DNA甲基化分析流程和软件集锦 BS方法可以得到单碱基的甲基化信息 BS-seq分析流程 比对步骤: 常规软件需要进行转换C-T,G-A;特异性软件如BSMAP,已经转换 ...
(五)信息分析流程示意图 DNA甲基化组学研究的核心内容在于对DNA甲基化数据的挖掘。DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。 首先,进行整体全基因组甲基化变化的分析,包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。 其次,进行甲基化差异水平分析,筛选具体差异基因,包括DMC/DMR/DMG鉴定...