Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程过滤掉xy染色体上的探针一般数据都要做这一步只要还需进行下游差异分析的话但这个测试数据都是男性样本所以就没必要去除了但作者还是给出了该怎么去除在xy染色体上探针的代码原理就是根据ann450kgetannotationilluminahumanmethylation450kannoilmn12hg19这个注释文件的数据集里面标注了那些...
来自:多分组的甲基化差异分析之QDMR、初识DNA甲基化芯片 全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是 DNA 甲基化研究的金标准,它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式,对整个基因组上的甲基化情况进行分析,具有单碱基分辨率,可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,构建全基因组精细甲...
一次偶然的搜索中发现biocondutor有个甲基化芯片的分析流程,刚好可以学习下,写的真的很棒。 Bioconductor的DNA methylation workflow可以在http://www./help/workflows/methylationArrayAnalysis/中查看,教程开头先对DNA甲基化芯片及其原理做了简单的介绍,包括一些常见的术语:比如β value和M value,后面就正式进入DNA甲基化...
来自:多分组的甲基化差异分析之QDMR、初识DNA甲基化芯片 全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是 DNA 甲基化研究的金标准,它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式,对整个基因组上的甲基化情况进行分析,具有单碱基分辨率,可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,构建全基因组精细甲...