Default= `1'***General search options-task <String, Permissible values:'blastx''blastx-fast'>Task to execute Default= `blastx'-db <String>BLAST database name*Incompatible with: subject, subject_loc-out <File_Out
blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 ...
PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。 PSI-BLAST最灵敏的BLAST,选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白。 PHI-BLAST找氨基酸motif ,参数有-db 数据库,-query 输入文件,-cut输出文件 Ensembl模式生物....
使用该参数,必须要使用--taxonmap和--taxonnodes参数构建数据库。--query-gencode<int>default:1设置在进行BLASTX模式进行比对时所使用的遗传密码。--strand<string>default:both 设置对query序列的那条链进行比对。可以设置的值为:boh、plus和minus。--min-orf|-l<int>在使用BLASTX模式进行比对时,若序列的某个...
钻石爆炸狂热游戏(Diamond Blast Mania)是一个可以让你顺利完成自由自在操作的消除游戏。而且更多精彩的操作挑战过程中,你的角色还可以掌握很多不同的消除技巧,让自己可以使用各式各样的道具在线完成自由的闯关。 钻石爆炸狂热游戏介绍: 钻石爆炸狂热是一款玩法内容丰富有趣的钻石三消手游,在这款游戏中玩家将自由选择各类...
--index-chunks | -c default: 4 将seed index分成指定的份数。推荐将该参数值设置成1,能增加计算性能和内存使用量。 DIAMOND默认设置下输出表格格式的结果。结果分12列,其结果信息和BLAST默认设置-outfmt 6输出的格式完全一致。 1. query序列ID 2. subject序列ID ...
--frameshifit|-F<int>在进行BLASTX模式时,设置对移码匹配的罚分,且一般推荐设置该参数值为15左右。设置该参数后,有利于比对较长的有INDEL错误的reads序列。默认情况是是禁用了此功能。--gapopen<int>default:BLOSUM62矩阵的默认值为1设置打开Gap罚分。--gapextend<int>default:BLOSUM62矩阵的默认值为1设置延长...
Star Blast: diamond dashXếp hạng và Nhận xét 4,4/5 465 đánh giá
Two industrial solid wastes, Ti-bearing blast furnace slag (TBFS) and diamond wire saw silicon waste (DWSSW), contain large amounts of Ti and Si, and their accumulation wastes resources and intensifies environmental pollution. In the present study, DWSSW was used as the silicon source to red...
可以看到使用diamond时,可以选很多参数,每个参数下面又有很多子参数。尽管功能很多,但是对于我们多数用户(尤其是我)来说,大多数参数我们都用不到。完成简单的比对,我们只需要用makedb建立索引,用blastp或者blastx进行比对。 其实我们只需要用到最基本的需要两行命令 ...