三、Detect-seq的优势 与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder相比,Detect-seq技术灵敏高、特异强、检测无偏好性,除了能检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶,还能检测sgRNA结合区域外编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-strand edits)上的脱靶[4]。 四、Detect-seq的技术路线 图3 Detect-seq的技术路...
通过Detect-seq技术发现CBE工具导致的全基因组上的大量脱靶位点 研究人员在人胚肾细胞HEK293T和人乳腺癌细胞MCF-7转染BE4max[4],使用多种不同的sgRNA对基因组靶向位点进行C-to-T的编辑;同时对这些样本中进行了Detect-seq检测。通过Detect-seq检测发现,除RNF2位点外,其它靶向位点均可以产生几十至数百个Cas9依赖型...
建立了一种无偏向性的脱靶检测技术 作者通过捕获胞嘧啶碱基编辑器CBE[1]产生的中间体(dU),并进行一系列标记和富集[2, 3],获得具有连续C-to-T突变的脱靶信号,并将其命名为Detect-seq(dU-detection enabled by C to T transition during sequencing)技术,该技术的主要技术路线如图1所示。 图1 Detect-seq技术路...