先使用conda安装DESeq2两个重要的安装包XML和data.table(因为亲测直接安装DESeq2,是缺少部分依赖包的)。 命令行:conda install r-xml;安装XML成功后,安装data.table。首先conda search -c bioconda data.table,选择和R3.6.3版本匹配的data.table。根据search结果,发现合适的data.table版本为1.12.2,因此输入:conda...
在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。 原教程地址:omicverse.readthedocs.io 环境的下载 在这里我们只需要安装omicverse环境即可,有两个方法: 一个是使用conda:conda install omicverse -c conda-forge 另一个是使用pip:pip install omic...
在这里我们只需要安装omicverse环境即可,有两个方法: 一个是使用conda:conda install omicverse -c conda-forge 另一个是使用pip:pip install omicverse -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/。-i的意思是指定清华镜像源,在国内可能会下载地快一些。 详细的安装教程见omicverse官网。 导入包 我们首先...
使用conda来新建一个虚拟环境,然后使用pip安装。 conda create -n pydeseq2 python=3.8 conda activate pydeseq2 pip install pydeseq2 查看是否安装成功 (pydeseq2) [zhaoyuhu@localhost ~]$ python Python 3.8.15 | packaged by conda-forge | (default, Nov 22 2022, 08:49:35) [GCC 10.4.0] on...
Python版的DESeq2已上线,以后就可以使用Python来做差异分析了。目前文章还在bioRxiv。我来简单尝尝鲜。 安装 使用mamba或者conda来新建一个虚拟环境,然后使用pip安装。 mambacreate-n pydeseq2 pythonmamba activate pydeseq2pip install pydeseq2 用法
一个是使用conda:conda install omicverse -c conda-forge 另一个是使用pip:pip install omicverse -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/。-i的意思是指定清华镜像源,在国内可能会下载地快一些。详细的安装教程见omicverse官网。导入包我们首先导入分析需要用到的所有包,包括omicverse, pandas, numpy,...
Python版的DESeq2已上线,以后就可以使用Python来做差异分析了。目前文章还在bioRxiv。我来简单尝尝鲜。 安装 使用mamba或者conda来新建一个虚拟环境,然后使用pip安装。 代码语言:javascript 复制 mamba create-n pydeseq2 python mamba activate pydeseq2
FastQC Multiqc Trimmomatic STAR RSEM Subread HTSeq kallisto Deseq2 ...(conda可以安装)查看软件是否可用,及时更新;准备好文件; 2.质量控制 质量控制 ls *gz |xargs -I [] echo 'nohup fastqc [] &'>fastqc.shbash fastqc.sh Fastqc 碱基质量分布图 ...
简介:RNA-seq数据分析二:DESeq2 筛选差异基因 首先DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭,具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126,我认为最关键的问题是要用BioManager来安装,就像conda装软件也要写一个conda install -c bioconda ...
R 语言 安装DESeq2,dplyr 包遇到报错的彻底解决方案 一、问题 今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析,在安装DESeq2的时侯,遇到下面的报错: *Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[1L], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[j]):...