conda--version 如果显示conda版本号,表示已经成功安装conda,下面开始安装DeepMD-kit。 (2)DeepMD-kit安装 DeepMD-kit有CPU和GPU两个版本,根据自己需求选择对应的版本: 在控制台输入对应的命令后会自动下载安装,安装过程会下载各种支持软件包,时间相对较长,耐心等待安装完成。 CPU版本: (base)$condacreate-ndeepmddee...
pair_style deepmd frozen_model.pb pair_coeff 需要强调的是,一般版本的Lammps并不具备识别deepmd类型势函数的功能,而在按照上面介绍的方法安装DeePMD-kit时,一般是已经将对应的Lammps安装好了。关于Lammps的设置在这里就不展开了,可以参考我以往的文章:云开叶落:Lammps进行经典MD的基本流程,或者参考其他教程。
cd 到您选择的目录,并运行以下命令安装conda:一旦conda成功安装,打开.bashrc文件,并在其中添加如下环境变量(请将"sunny"替换为您的用户名):执行source命令以使环境变量生效,您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态:如果返回了conda版本号,表示已成功安装conda,接下来可以进行DeepMD-kit的安装。De...
同时DpGen也实现了DeePMD-kit、DpGen、first princiles三部分的循环。 DpGen循环 利用DpGen训练势函数模型,需要文件如下:(work为空文件夹),提交命令为:nohup dpgen run param.json machine,json > log > err > & ,nohup将任务放在后台运行。 DpGen训练势函数模型初始文件 其中INCAR为单点能计算,且包含K点信息...
29 理论上来说,有了dp势函数就可以计算构型的能量和力,不过以前的认知是在特定结构上进行计算,可以...
近日,深势科技宣布已经完成分子动力学模拟软件DeePMD-kit向Graphcore的IPU硬件的迁移,表示IPU已经正式支持DeePMD-kit这一荣获戈登贝尔奖的前沿分子动力学模型,自此,研究者可以在IPU上进行分子动力学应用和材料模拟的探索。目前,开发者已经可以在Graphcore的GitHub中获取基于IPU硬件迁移完成的DeePMD-kit。DeePMD-kit是深度...
一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件格式,其中包括原子的坐标以及原子的能量、力和virial。2) 随后输入到由TensorFLow框架搭建的势函数网络进行训练,通过原子坐标预测此时的能量。3) 训练好的模型将被冻结保存,提供给融合了DeePMD-kit的传统分子...
**环境依赖的局部原子能量**:MLPs通过定义一个截断半径来限制原子间的相互作用,并使用局部原子对称函数...
总结起来,过程中遇到的问题包括软件的安装与使用、构型的采样、势函数的验证等等。说实话,对于新手来说门槛不低,为了能捣鼓起来,我瞎折腾了几乎一整个寒假。第一道槛是DeepMD-kit和DP-GEN的安装。由于课题组租用的超算服务器是不联外网的,安装软件很不方便。好在前者提供了离线安装包,但后者好像最初是没有...
张铎:机器学习势函数:从DeePMD到DPA-2 DeepModeling· 1-16 19651 32:42 DP答疑交流活动第三期:DeePMD-kit参数设置 DeepModeling· 2022-10-11 5850 01:15:32 BeyondDeePMD:复杂体系势能面建模最新进展分享与实战指导 DeepModeling· 9-6 10830 20:17 ...