简介 dbNSFP,用于对人类基因组中所有潜在的非同义单核苷酸变异 (nsSNV) 进行功能注释和预测,前者提供与其潜在功能间接相关的突变的定性或描述性注释,例如突变是否为非同义SNV;后者通常基于统计模型提供突变的直接定量或是或否有害性预测。目前该数据库更新到了 v4 版本(每更新一个版本就发一篇文章),共包括了 84,013...
【佳学基因检测】基因检测全面性正确性的一个技术细节:dbNSFP dbnfsp 是一个综合性的数据库,收录了SIFT, Polyphen2, LRT, MutationTaster等多种算法预测的基因组变异对功能的影响。通过snpsfit的dbnsfp命令,可以用这个数据库对变异位点进行注释。 dbNSFP 是一个数据库,用于对人类基因组中所有潜在的非同义单核苷酸变异...
dbNSFP数据库收录了PhyloP值的数据,并且是tsv格式的,为了对一下数据库,就去官网找了相关的数据,但是看了一圈并没有现成的tsv。看了一圈资料也没看出怎么得出dbNSFP里面的phyloP这个唯一值怎么来的。后面尝试了很多,才发现原来如此简单:就是把官网上的bw文件转成bedGraph文件即可,但是这个做法会把7.9G的数据拓展至50G...
dbNSFP:非同义突变功能注释数据库 在对SNV位点进行注释时,往往需要综合采用多个数据库的注释结果,为了方便肿瘤研究人员,dbNSFP对人类基因组上的突变位点进行了丰富全面的功能注释,其目的是提供一站式服务,通过这一个数据库就可以完成突变位点的功能注释,文章链接如下 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/humu.22...
dbNSFP数据库 数据库下载地址:http://sites.google.com/site/jpopgen/dbNSFP tips:国内网站下载不了,可通过annovar软件的脚本下载该数据库。 参考文章: 1.dbNSFP: A Lightweight Database of Human Nonsynonymous SNPs and Their Functional Predictions https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3145015/...
dbNSFP gene level annotations can be imported into ArrayStar, part of Lasergene Genomics, for enriched gene analysis and advanced filtering.
collection ofhuman NSs. dbNSFP is freely available for download athttp://sites.google.com/site/jpopgen/dbNSFP .Hum Mutat 32:894–899, 2011. & 2011 Wiley-Liss, Inc.KEY WORDS: dbNSFP; functional prediction; database;SIFT; Polyphen2; LRT; MutationTaster; PhyloPIntroductionA nonsynonymous ...
Plugins for the Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) - VEP_plugins/dbNSFP.pm at release/101 · Ensembl/VEP_plugins
知乎直答 R1 知乎知学堂 等你来答 切换模式 登录/注册 最想变成人的猪 SNP数据库dbNSFP4到底怎么用 | 如题,好不容易连上网了,除了例子给的基因,其他我自己的snp信息输上去都是错的,有大佬成功用过的吗?可以分享一下吗QAQ 发布于 2023-07-23 00:06・IP 属地北京 ...
孙凯馨目前担任新疆泉之道矿泉水有限公司、新疆澜泓物业服务有限公司法定代表人,同时担任新疆泉之道矿泉水有限公司财务负责人,执行董事兼总经理,新疆澜泓物业服务有限公司执行董事;二、孙凯馨投资情况:孙凯馨目前是3家企业直接控股股东,包括新疆澜泓物业服务有限公司、控股比例达80%,新疆泉之道矿泉水有限公司、控股比例...