图9 通过DAP-seq和dDAP-seq鉴定C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体结合位点(Li et al., 2023)。（a）DAP-seq和dDAP-seq实验流程示意图；上图：在DAP-seq中，体外表达的Halo Tag-TF1形成同源二聚体，与连接Illumina测序接头的基因组DNA片段结合。TF-DNA复合物由Halo Tag配体耦联磁珠纯化，结合的DNA从磁珠中...
过表达株系中,茉莉酸(JA)和JA异亮氨酸(JA-Ile)的含量在接菌前后均高于野生型,表明CpWRKY50表达上调导致JA含量上升。DAP-seq、Y1H、Dual-LUC和EMSA实验结果表明,CpWRKY50可直接与JA信号通路中两个关键基因CpMYC2和CpPR4启动子的W-box基序(TTGACC)相结合,并激活它们的表达,从而增强番木瓜对炭疽病的抗性。总而言...
3)转录组 + DAP-seq关联:探究目标转录因子对差异基因的调控网络关系,可进一步提升研究深度。通过转录组和DAP-seq分析结果关联,可以获得目标蛋白在全基因组水平上的结合热点(peak 区域),以及实验前后样本转录水平的变化值(差异表达基因),再通过联合定义目标peak 与差异表达基因之间的相关系数,从而发现目标蛋白对样本转录...
图1. MdWRKY23转录激活MdCOI1表达来调节JA信号通路;通过DAP-seq获得的MdWRKY23的靶基因在整个基因组中的分布。 案例2 DAP-seq+miRNA分析低温下梨R2R3-MYB基因家族的全基因组鉴定和PhMYB62调控分析 英文标题:Genome-wide identification of thePyrusR2R3-MYB gene family andPhMYB62regulation analysis inPyrus ...
DAP-seq 产品介绍 常见问题 经典案例 DNA亲和纯化测序(DAP-seq,DNA Affinity Purification sequencing),通过体外构建表达转录因子(TF,Transcription Factor)蛋白,与目标基因组片段结合,针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合,对DAP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白...
DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq)是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术,将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育,以确定结合序列。这一技术逐渐成为植物转录因子研究中的重要工具。 一、为何选择DAP-seq?
通过DAP - seq技术,我们就可以找到那些在干旱情况下起关键作用的转录因子,看看它们是怎么调控那些和抗旱有关的基因的。 再比如说,在研究人类疾病的时候,有些疾病可能就是因为基因的调控出了问题。也许是某个转录因子突然变得调皮捣蛋了,不好好工作,和不该结合的地方结合了,或者是该结合的时候不结合了。DAP - seq...
DAP-seq实验原理 体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。其基本过程是将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签（Halo-Tag）的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；提取样品的基因组DNA，构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录...
DAP-seq分析 首先,作者进行了一次转录组检测,主要是为了从中筛选出柑橘在感染绿霉病之后,机体内做出显著响应的转录因子,最后确定了CsWRKY33为柑橘抗病机制中的关键转录因子。 然后,作者为了确定CsWRKY33在基因组上的DNA结合位点,进而去确定相对应的靶基因,使用了DAP-seq技术去鉴定与CsWRKY33相关的靶基因。也就是在...