图9 通过DAP-seq和dDAP-seq鉴定C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体结合位点(Li et al., 2023)。（a）DAP-seq和dDAP-seq实验流程示意图；上图：在DAP-seq中，体外表达的Halo Tag-TF1形成同源二聚体，与连接Illumina测序接头的基因组DNA片段结合。TF-DNA复合物由Halo Tag配体耦联磁珠纯化，结合的DNA从磁珠中...
3)转录组 + DAP-seq关联:探究目标转录因子对差异基因的调控网络关系,可进一步提升研究深度。通过转录组和DAP-seq分析结果关联,可以获得目标蛋白在全基因组水平上的结合热点(peak 区域),以及实验前后样本转录水平的变化值(差异表达基因),再通过联合定义目标peak 与差异表达基因之间的相关系数,从而发现目标蛋白对样本转录...
DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification sequencing,DAP-seq)方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高转录因子结合位点(TFBS)发现的效率。。
DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq)是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术,将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育,以确定结合序列。这一技术逐渐成为植物转录因子研究中的重要工具。 一、为何选择DAP-seq?
图1. MdWRKY23转录激活MdCOI1表达来调节JA信号通路;通过DAP-seq获得的MdWRKY23的靶基因在整个基因组中的分布。 案例2 DAP-seq+miRNA分析低温下梨R2R3-MYB基因家族的全基因组鉴定和PhMYB62调控分析 英文标题:Genome-wide identification of thePyrusR2R3-MYB gene family andPhMYB62regulation analysis inPyrus ...
DAP-seq 产品介绍 常见问题 经典案例 DNA亲和纯化测序(DAP-seq,DNA Affinity Purification sequencing),通过体外构建表达转录因子(TF,Transcription Factor)蛋白,与目标基因组片段结合,针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合,对DAP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白...
为了进一步研究CsWRKY33调控的潜在靶基因的表达情况,将DAP-seq数据与转录组分析结合筛选出485个潜在靶基因,包括250个上调差异基因和235个下调差异基因,这些潜在靶基因在苯丙氨酸生物合成代谢途径和MAPK信号通路代谢途径中均显著富集,此结果说明可能各种基因之间存在相互作用,因为植物抗病反应过程是一个伴随着不同途径中众多...
DAP-seq 技术中,常用的体外蛋白表达方法是小麦胚芽无细胞蛋白表达系统(Wheat germ cell-free protein synthesis system, WGCF)。该系统基于外源 DNA 或 mRNA 模板,在细胞提取物提供的细胞器和多种酶的协同作用下,通过添加氨基酸、T7 聚合酶及能量再生物质,实现蛋白质的体外合成。这些细胞提取物可来源于多种细胞类型...
一、 DAP-seq技术简介 DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务——高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。 在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可...