1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)ATAC-seq + DAP-seq关联:在体外环境下最大限度还原Chip-seq...
DAP-seq实验会产生大量的测序数据,这些数据通常以FASTQ格式存储,包含了测序读段(reads)及其质量信息。此外,还需要有参考基因组序列,以便将测序读段定位到基因组上。 3. 确定数据分析的目标和方法 DAP-seq数据分析的主要目标是鉴定出与特定蛋白结合的DNA序列。这通常包括以下几个步骤: 读段质量控制:过滤低质量的读段...
可以直接看motif网页版结果中的match Details,有无基序在数据库中已经被收录匹配目标转录因子(homerResults中看Best Match/Details;KnownResults中看Name列)。 以“sna/MA0086.2/Jaspar(0.681)”为例,其含义是这个比对结果来自Jaspar数据库的sna转录因子,MA0086.2是Jaspar的编号,可通过这个具体编号找到对应sna-motif信息(...
客户在线下单——订单/实验材料确认——提取基因组DNA——打断连接测序接头——构建蛋白表达载体——蛋白体外表达——亲和纯化——DNA文库构建——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 DAP-seq的优点：1、更接近体内实验 该方法可以直接使用从细胞中提取的基因组DNA与目标TF结合，从而可以保留基因组DNA...
至于「MACS2 GUI Wrapper」,这个插件出现后,可以让所有「TBtools」用户轻松在不同平台,如「Windows」或者「MacOS」上,从原始测序数据到 Peaks,自主完成分析。相比于其他所有解决策略,「TBtools」是最为简单的本地化分析策略,只要你有数据,也有安装「TBtools」就可以,一键安装插件,一键完成分析。
需要您提供：（1）组织材料或者是提取好的基因组DNA；（2）含有转录因子CDS序列的质粒。3. 分析结果包括哪些内容？蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容：1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描（peak calling）5.Peak...
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。2、DAP-seq和ChIP-seq的特点3、关于蓝景科信蓝景科信提供DAP-seq全流程技术服务+个性化数据分析,与中国科学院、中国农业...
写在前面 关于 ChIPseq/DAPseq 数据分析,前面有推送过两三波。早前,我也推过一个 TBtools 的 MACS2 GUI Wrapper 插件,支持在 Wind...
DAP-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435940,属于分类,想要查询更多关于DAP-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
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