筛选过的lncRNA-miRNA调控关系 4.合并筛选过的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA调控关系就可以得到edges这个文件。 5.提取筛选过的mRNA-miRNA调控关系中的mRNA,加上类型mRNA。提取筛选过的lncRNA-miRNA调控关系中的lncRNA,加上类型lnc。前面筛选过的miRNA,加上类型miRNA。将这三者合并起来得到nodes文件。 接下来再参考☞视...
(Long noncoding RNA)是一类长度大于200 nt,不编码蛋白质的RNA。LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与mRNA结合抑制翻译、调节剪切,及...
2.取mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA之间的调控关系中共有的miRNA。 如果你手上有候选的miRNA,在这一步还可以再跟你的候选miRNA取个交集。 3.根据筛选过的miRNA,进一步筛选mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA的调控关系。 筛选过的mRNA-miRNA调控关系 筛选过的lncRNA-miRNA调控关系 4.合并筛选过的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA调控关...
LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与mRNA结合抑制翻译、调节剪切,及降解mRNA等。 图1. lncRNA功能 由于lncRNA发现较晚,功能研究不...
长链非编码RNA(Longnoncoding RNA)是一类长度大于200nt,不编码蛋白质的RNA。LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与mRNA结合抑制翻译、...
首先你需要准备一个网络互作文件,最基本的是两列基因,每排表示第一列和第二列是有相互作用的。小编以如下数据为例(里面有lncRNA,gene,miRNA) ①选择file---Import---network from file ②导入网络文件第一列选择source node,第二列选择target node,然后点击-OK ③一...
RNA调控网络图 在生物体内，除了承担遗传信息传递任务的mRNA外，还有多种类型的RNA，如lncRNA和miRNA等，它们共同构成了一个复杂的基因表达调控网络。为了更全面地了解不同处理条件下生物体内RNA的表达状况，我们可以采用全转录组测序、mRNA与miRNA联合测序、lncRNA与miRNA联合测序等技术。这些技术能够同时揭示样品中多种...
miRNA mRNA 这就是你没有理解网络的概念了,我们前面说过网络由多个基本单元( 或节点) 与它们之间的相互作用( 即连线) 组成,你所列举的多元关系,譬如下方的A(lncRNA)、B(miRNA)、C(mRNA): 即使它是三元关系等多元关系网络,也是拆分成这种两列多行的数据格式,譬如A作用于B,B再作用于C,完全能写成如下格式...
方法利用生物信息学方法预测miR-NA的上游转录因子和下游靶基因,并对预测结果做基因本体分析,得到参与各生物学过程及分子功能的比例,用统计学PASW做相关性分析。结果人类382个miRNA参与应激、代谢、发育等10个生物学过程和行使转录调控、翻译调控、催化活性等12个分子功能,miRNA上游转录因子之间、下游靶基因之间...
结论基因在参与生物学过程及行使分子功能的过程中,通过miRNA实现协同作用或隔离效应。