今天,我们将重点介绍两个寻找子网络关键基因的插件:cytoHubba和MCODE。插件一:cytoHubba 🌐 cytoHubba是一个用于网络拓扑分析和节点中心性分析的插件。它通过多种拓扑算法为每个节点赋值,从而帮助我们发现关键基因(hub genes)和子网络。cytoHubba提供了多种拓扑分析方法,包括: Degree (度中心性) 📈:计算节点的度,即...
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭ 使用cytohubba把关键子网络提取...
插件一：cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析，利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了多种拓扑分析方法，包括：Degree (度中心性)：计算节点的度，即与节点直接相连的边的数量。EPC (Edge Percolated Comp...
插件一:cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析,利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了多种拓扑分析方法,包括: Degree (度中心性): 计算节点的度,即与节点直接相连的边的数量。 EPC (Edge Percolated Com...
2.1 插件下载: 首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...
安装完成后，即可利用Cytoscape和CytoHubba插件来提取PPI网络中的Hub基因。安装完成后，左侧会出现一个插件标签，标明CytoHubba已成功安装。3、按照以下步骤操作，即可打开.TSV文件：首先，找到并点击“备用4”，然后继续点击“OK”以确认操作。此时所展现的网络图（PPI图）已去除无关联的HSD11B2，目前仅包含12个靶点基因...
1、插件下载 单击App Manager Search里 搜索 cytohubba,之后install 2、文件导入 File – Import – Network from File 导入string网址里导出的string_interactions_short.tsv 如下所示,该数据有154个节点,285条边 3、插件使用 点击Apps里载入cytoHubba 1、Target Network选择待分析的网络 ...
1.Cytohubba插件安装:打开Cytoscape软件,点击“Apps”→“App Manager”→搜索“Cytohubba”→点击安装(图A)。安装完成后即可在Cytoscape软件主界面看到Cytohubba插件(图B); 图A 图B 2.向Cytoscape软件中导入待分析的数据,“Nodes’Scores”选择“Calculate”,“Hubba nodes”勾选“Top 10 node (s) ranked by”,其...
2.1 插件下载: 首先点击App Manager 在Search中输入所需要的插件:cytohubba。之后点击右下角的install,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。 示例数据:Yeast Perturbation 如果页面没有,大家也可以通过安装Cytoscape的路径sampleData\sessions载入 下载成功会发现左边操作页面上出现了cytoHubba的选择 ...
2.安装插件 比如:cytoHubba和GlueGO。 检索要安装的插件: 3.使用cytoHubba筛选hub基因 这里用string数据库工具做的蛋白互作,下载网络文件: 导入网络文件。 点击calculate后,下面下面的选项就可选了,而calculate变成灰色。 选择hubba nodes算法: 选择后,勾选top,top默认为10,自己设置,也就是整个网络中重要性或者连通度...