插件一：cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析，利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了多种拓扑分析方法，包括：Degree (度中心性)：计算节点的度，即与节点直接相连的边的数量。EPC (Edge Percolated Comp...
这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭ 使用cytohubba把关键子网络提取出来,如图筛选出关键子网络,MCC是cytohubba的较...
推荐在这里下载cytoscape的APP:https://apps.cytoscape.org/apps/all 会自动检查自己电脑是否已经安装。 二、cytoHubba插件 1、简介 目的:先用STRING网站构建PPI网络,当存在上百个基因的对应关系时,就需要再利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络 cytoHubba根据nodes在网络中的属...
Cytoscape插件2:CytoHubba CytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络 网络对呈现包括PPI,基因调控,细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性,并且这也能帮助我们发现网络中的中心元素。 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11中拓扑分析方法,包括,Degrre度,Edge Percolated component...
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭...
你是不是用的不同算法，cytohubba支持11种不同算法
Cytoscape的插件很多,选择哪个好呢? 今天主要介绍一下寻找子网络hub基因的两个主要插件cytoHubba和MCODE,帮助你快速掌握用法,可以点击收藏,方便后面随时查看。 插件一:cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性分析,利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序发现其关键基因(hub gene)和子网络。
在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中搜索cytoHubba插件,进行download 点击Apps-App Manager,点击install from file 找到cytoHubba的存放路径,打开之后就安装好了 3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 ...
Cytoscape插件2:CytoHubba CytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络 网络对呈现包括PPI,基因调控,细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性,并且这也能帮助我们发现网络中的中心元素。 cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11中拓扑分析方法,包括,Degrre度,Edge Percolated component...
3.cytoHubba插件使用 打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 3、点击calculate 4、点击Top,可根据自身课题需要,调整提取关键基因的数量 5、下方Closeness可下拉选择计算方法