确定目标基因后,可以对相关基因的mRNA水平和Peak进行联合可视化展示,结果类似下图。这一类结果通常是利用基因组浏览器(如IGV、UCSC Genome Brower等)展示特定区域的CUT&Tag和RNA-seq数据,直观观察转录因子结合位点、组蛋白修饰的分布和水平以及相应基因的表达水平。 图:在MET基因座位上,叠加显示了CUT&Tag、ChIP-seq和RN...
测序手段:CUT&Tag、ChIP-seq、RNA-seq 研究亮点:该研究通过CUT&Tag及ChIP-seq揭示了组蛋白磷酸化修饰快速响应饥饿刺激的胰高血糖素-PKA信号通路,联合RNA-seq发现可进一步促进肝脏糖异生基因转录的工作机制,丰富了对机体在染色质层面如何响应激素变化,调控代谢稳态的生物学认识。 文献五 H3S57ph在DNA损伤修复中的关...
图4. 诺唯赞TR501/TR502/TR503转座酶法RNA建库中的扩增示意图 目标蛋白 CUT&Tag（如组蛋白修饰、转录因子、Pol II、CTCF）与R-loop CUT&Tag以及RNA-seq建库试剂联用，多组学数据联合分析，表观调控机制更清晰！若您对R-loop CUT&Tag感兴趣，欢迎垂询400-600-9335或联系您身边的诺唯赞人。Vazyme产品推荐 —...
使用Cut&Tag 和 RNA-seq 进行了组合组学分析鉴定H3K9la的靶基因。 转录组分析显示有168个显着差异表达基因集,其中88个基因在乳酸处理组(LA)显着上调,80个基因显着下调(图4A)。接下来,作者使用MAnorm软件对富集了H3K9la抗体的注释DNA峰进行差异分析,并将结果显示为火山图(图4B)。对相应peaks进行转录起始位点(TSS...
第二篇文章中，多次使用CUT&Tag & RNA-seq联合分析策略辅助确定下游靶点。CUT&Tag能够高通量地找到全基因范围内所有的结合靶点，RNA-seq可以帮助确定哪些基因受到这种修饰的调控，有助于进一步缩小下游后续靶点的数量。👍景杰乳酸化抗体套装推介以上两篇文章都选择组蛋白乳酸化进行研究，且通过多个组蛋白乳酸化位点特异...
在研究中,CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合,分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平,尤其是启动子或增强子区域的靶基因,探究其对基因表达的调控作用。当目标蛋白为转录因子时,联合motif分析和共表达分析,研究可以进一步丰富转录因子-靶基因调控网络。同时,研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点,设计...
早期胃贲门腺癌(EGCA)是一种高度异质性的癌症,由于目前尚无完善的体内或体外模型,极大地阻碍了对EGCA发病机制和恶性进展的探索。单细胞RNA测序(scRNA-seq)已被广泛应用于描述各种癌症发生发展过程中的细胞特征和分子异质性,或可为EGCA的恶性进展和异质性提供独特的见解,对早期诊断和治疗具有重要意义。
为进一步阐明ASH2L缺失导致CAKUT表型的分子机制,研究者通过RNA-seq和CUT&Tag数据的联合分析发现,UB特异性ASH2L敲除小鼠UB细胞中RET/GFRA1信号通路核心组分如Ret、Gfra1和Wnt11基因的表达显著减少,并且与ASH2L缺陷所导致的启动子区域H3K4me3修饰减少有关。 研究结果...
实验中，CUT&Tag、ChIP和RNA-seq等技术被用于实验分析。结果表明，乳酸处理能够增加MyHC等肌肉分化标志物的表达，并显著提高H3K9乳酸化水平。通过基因表达分析，乳酸调控了一组与肌肉分化相关的基因，尤其是Neu2的表达上调。进一步的实验验证，乳酸通过激活H3K9乳酸化依赖的信号通路，促进了肌肉发育。研究还...
(1) 琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有RNA污染 (2) Qubit对DNA浓度进行精确定量 2. 文库构建 CUT&Tag技术的核心是pAG-Tn5融合蛋白(ChiTag),其中Protein AG能够结合抗体。在进行CUT&Tag实验时,首先将细胞与磁珠混合,然后进行靶蛋白特异性抗体(一抗)孵育,使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号,接着进行...