CUT&Tag数据处理中常用的工具有哪些? 简介 CUT&Tag 技术会在靠近固定酶的染色质颗粒两侧加上接头,不过染色质颗粒内部的标签化反应也有可能发生。所以,当 CUT&Tag 针对组蛋白修饰时,得到的主要是核小体长度(大约 180 bp)或其倍数的片段。而如果目标是转录因子,就会生成核小体大小的片段,同时混杂一些较短的片段,...
SEACR(用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析工具包)专为从染色质分析数据中识别峰值和富集区域而设计。这类数据通常背景信号极低(即某些区域完全没有读数覆盖),这在 CUT&Tag 染色质实验中尤为常见。 SEACR 以双末端测序生成的 bedGraph 文件为输入,将峰值定义为连续的碱基对覆盖区域,这些区域不会与 IgG 控制数据中标记的...
CUT&Tag 技术会在靠近固定酶的染色质颗粒两侧加上接头,不过染色质颗粒内部的标签化反应也有可能发生。所以,当 CUT&Tag 针对组蛋白修饰时,得到的主要是核小体长度(大约 180 bp)或其倍数的片段。而如果目标是转录因子,就会生成核小体大小的片段,同时混杂一些较短的片段,这些短片段分别来自旁边的核小体和转录因子结...
报告测序比对总结 对原始读取和唯一比对读取进行总结,以反映比对的效率。高质量数据的比对频率通常应高于 80%。CUT&Tag 数据背景噪声较低,因此在人类基因组中,仅需 100 万比对片段就能为组蛋白修饰提供可靠的分析结果。而对于丰度较低的转录因子和染色质蛋白,下游分析可能需要 10 倍于该数量的比对片段。 我们可以评...
CUT&Tag 数据处理和分析教程(6) 简介:CUT&Tag 数据处理和分析教程(6) 简介 CUT&Tag 技术会在靠近固定酶的染色质颗粒两侧加上接头,不过染色质颗粒内部的标签化反应也有可能发生。所以,当 CUT&Tag 针对组蛋白修饰时,得到的主要是核小体长度(大约 180 bp)或其倍数的片段。而如果目标是转录因子,就会生成核小体...
CUT&Tag 数据处理和分析教程(7) 简介:CUT&Tag 数据处理和分析教程(7) 过滤 某些项目可能需要对比对质量分数进行更严格的过滤。本文细讨论了bowtie如何分配质量分数,并举例说明。 MAPQ(x) = -10log10log10(P(x is mapped wrongly)) = -10log10(p)...
实际上,发现高质量的 CUT&Tag 数据集的表观重复率通常很低,即使是看起来像是“重复”的片段,也可能是真实的片段。因此,不建议删除这些重复项。不过,在实验样本量极少,或者怀疑存在 PCR 扩增重复的情况下,可以考虑删除重复项。以下命令展示了如何使用 Picard 来检查重复率。
最近半年一直在做CUT&Tag数据分析,感觉快要吐了。不过,这个过程还是挺有意思的,所以决定分享一下我的经验。虽然代码懒得附上,但我会尽量详细地描述每个步骤,并附上原组的分析教程网址,非常详尽且有代码。 FastQC检查数据质量 🔍 拿到所有的NGS数据后,第一步就是用FastQC检查一下数据质量。这个步骤很重要,毕竟数据...
CUT&Tag | Cut&Run | 数据分析 | deeptools为核心 | plotFingerprint | profile | heatmap 2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools,因为R可以用jupyter notebook,代码和结果方便撰写和保存。 但是,最近被怼了,质疑了我的peak calling,一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了,有6万个...
CUT&Tag 数据背景噪声较低,因此在人类基因组中,仅需 100 万比对片段就能为组蛋白修饰提供可靠的分析结果。而对于丰度较低的转录因子和染色质蛋白,下游分析可能需要 10 倍于该数量的比对片段。 我们可以评估以下指标: 测序深度 比对率 可比对片段数量 重复率 独特文库大小 片段大小分布 测序深度 ##=== R command...