#3. ChIPQC, NSC, RSC #检测ChIP-Seq/ATAC-Seq/CUT-TAg数据的常用R包: ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia ChIP-seq Quality Assessment #ChIPQC因为参考基因组没有植物的所以不能像介绍那样直接出所有图,但可以分开出部分结果 #参考代码: library(DiffBind) library(ggpl...
CUT-Tag是一种新的DNA-蛋白质互作研究方法。CUT-Tag的技术原理是使用基于靶蛋白特异性抗体免疫结合靶蛋白,进而通过孵育融合有protein A/G的转座酶Tn5-使得转座酶Tn5结合靶蛋白(包括转录因子、共调节因子等基因组结合蛋白),随后体系中Mg2+激活Tn5酶的切割活性将含有接头的短序列插入基因组内,最终可以通过PCR扩增构建文...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3678、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 176、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第
前面说到了CUT&Tag技术的技术实力：不仅组蛋白修饰能做好，转录因子也能够很好实验。另外，CUT&Tag技术实验背景信号低、实验重复性好、实验操作时长短等等，都是优势。除此之外，CUT&Tag技术还能迎合市场需求，像现在较为火热的单细胞技术、空间组学研究等，CUT&Tag技术都能与之配合。同时，CUT&Tag技术还能同时做多个...
翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需7小时),起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是蛋白质-DNA互作研究技术的又一颠覆性创新。 1.更高的文库质量。 图6. 文库质检图 2.数据质量好。
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
CUT&Tag技术是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法,有望取代传统的ChIP-seq技术,探索组蛋白修饰区域、转录因子结合状态以及全基因组范围内DNA-蛋白质互作情况。其以操作简单(无需免疫共沉淀和超声破碎)、细胞起始量低(低至60个细胞)、信噪比高、灵敏度强、重复性好、成本低廉等优势而受到广大表观遗传学研究者的青睐...
与传统的ChIP-Seq相比，CUT&Tag不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀，而是通过针对靶蛋白（如转录因子、染色质重塑蛋白）的抗体和Protein G/A的介导，使得与Protein G/A融合的Tn5酶在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头，经PCR扩增后即可形成用于高通量测序的文库（图1）。CUT &Tag技术具有细胞投入量低、信噪比...
图3左图:CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq 三种方法分析 H3K4me1 组蛋白修饰:CUT&Tag 在识别染色质特征时最有效,能够给出 ChIP-Seq 无法读出的信息;右图:peak-Calling 的对比,使用默认参数调用每种方法上的峰值,结果显示 CUT&Tag 比 CUT&RUN、ChIP-seq 或 ATA...
CUT&Tag全称Cleavage Under Target & Tagmentation,翻译为靶向剪切及转座酶技术,是一种研究蛋白-DNA互作的技术,替代传统的ChIP-seq方法。开头介绍ATAC-seq和CUT&Tag非常相似,原因就在于CUT&Tag也用Tn5转座酶,只不过这个酶是Protein A/G融合的Tn5转座酶。当然,两者研究内容还是不一样的,下面详细说一下。