CUT&Tag需要的细胞起始投入量低,使用试剂盒可以进行低至60个细胞的实验,这是传统的需要百万级细胞起始量的ChIP-Seq所不能及的。2019年,Henikoff团队将CUT&Tag实验首次应用于单细胞,将大量的K562细胞进行CUT&Tag实验,Tn5切割后,通过Takara ICELL8单细胞分离系统把单个细胞分配到5184 纳米孔中,再加入一组带随机标签...
CUT&Tag需要的细胞起始投入量低,使用试剂盒可以进行低至60个细胞的实验,这是传统的需要百万级细胞起始量的ChIP-Seq所不能及的。2019年,Henikoff团队将CUT&Tag实验首次应用于单细胞,将大量的K562细胞进行CUT&Tag实验,Tn5切割后,通过Tak...
ATAC-seq数据可以得到染色质开放性的动态变化,联合CUT&Tag可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子(包括顺式调控元件和转录因子等),这种联合分析还可以揭示表观遗传修饰如何影响转录因子的结合和活性,从而为疾病发生、发展以及治疗提供新的分子机制和潜在的治疗靶点。 爱基百客拥有10年表观遗传学研究服务的经验,我们...
2024年10月7日,北京大学生物医学前沿创新中心、北大-清华生命科学联合中心汤富酬课题组在Nature Methods上发表了题为scNanoSeq-CUT&Tag: a single-cell long-read CUT&Tag sequencing method for efficient chromatin modification profilin...
CUT&Tag在植物上很难成功?NO,那都是老黄历啦! 测序技术(Chromatin Immunopreciptation with Sequencing,ChIP-Seq),作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具,技术成熟,已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究。但是由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性(如:需要大量细胞,实验重复性差,低信号、高背景等),...
测序的基本原理是边合成边测序（Sequencing by Synthesis)。在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dNTP 、DNA聚合酶以及接头引物进行扩增，在每一个测序簇延伸互补链时，每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出其相对应的荧光，测序仪通过捕获荧光信号并通过计算机软件将光信号转化为测序峰，从而获得待测片段的序列信息。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 真核生物的DNA并不...
测序的基本原理是边合成边测序(Sequencing by Synthesis)。在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dNTP 、DNA聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出其相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段的序列信息。
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,翻译为转座酶可及染色质的高通量测序分析,简单来说这个技术是运用转座酶获取开放染色质区,然后通过高通量测序技术和生物信息学挖掘相关的基因信息,解决生物学相关问题。
最新开发的技术,使用核酸酶在靶标下切割和释放(CUT&RUN-sequencing)以及在靶标下切割和标记(CUT&Tag-sequencing),用于从低输入材料来绘制蛋白质-DNA相互作用,并显着提高了映射分辨率。然而,这两种技术的成本都较高。CUT&RUN-sequencing使用昂贵的 pA/MNase融合蛋白,该蛋白具有显着的A/T序列偏差,导致目标蛋白结合的...