Fig1.CUT&Tag原理[1] ATAC-seq:ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种用于研究染色质可及性的高通量测序技术。它利用转座酶Tn5的特性,识别并切割开放的染色质区域,同时将测序接头插入到这些区域。通过这种方法,ATAC-seq技术可以快速、高效地映射基因组的开放区域和调控元件,适用...
染色质免疫共沉淀测序技术(Chromatin Immunopreciptation with Sequencing,ChIP-Seq),作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具,技术成熟,已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究。但是由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性(如:需要大量细胞,实验重复性差,低信号、高背景等),往往导致大量的精力投入却得不到预期...
CUT&Tag需要的细胞起始投入量低,使用试剂盒可以进行低至60个细胞的实验,这是传统的需要百万级细胞起始量的ChIP-Seq所不能及的。2019年,Henikoff团队将CUT&Tag实验首次应用于单细胞,将大量的K562细胞进行CUT&Tag实验,Tn5切割后,通过Tak...
CUTRUN-sequencing使用昂贵的 pA/MNase融合蛋白,该蛋白具有显着的A/T序列偏差,导致目标蛋白结合的DNA 区域谱受到MNase消化水平的严重影响。CUTTag-sequencing显示出相同的消化偏差,并且由于Tn5转座酶导致染色质的脱靶可及性,因此特异性较低。 为解决这些问题,EpiGentek开发了两种新技术—CUTRUN Fast和CUTTag In-Place...
Fig1.CUT&Tag原理[1] ATAC-seq:ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种用于研究染色质可及性的高通量测序技术。它利用转座酶Tn5的特性,识别并切割开放的染色质区域,同时将测序接头插入到这些区域。通过这种方法,ATAC-seq技术可以快速、高效地映射基因组的开放区域和调控元件,适用...
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
最新开发的技术,使用核酸酶在靶标下切割和释放(CUT&RUN-sequencing)以及在靶标下切割和标记(CUT&Tag-sequencing),用于从低输入材料来绘制蛋白质-DNA相互作用,并显着提高了映射分辨率。然而,这两种技术的成本都较高。CUT&RUN-sequencing使用昂贵的 pA/MNase融合蛋白,该蛋白具有显着的A/T序列偏差,导致目标蛋白结合的...
CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(10 6 -10 7 ),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感...
zui新开发的技术,使用核酸酶在靶标下切割和释放(CUT&RUN-sequencing)以及在靶标下切割和标记(CUT&Tag-sequencing),用于从低输入材料来绘制蛋白质-DNA相互作用,并显着提高了映射分辨率。然而,这两种技术的成本都较高。CUT&RUN-sequencing使用昂贵的pA/MNase融合蛋白,该蛋白具有显着的A/T序列偏差,导致目标蛋白结合的...
CUT&Tag在植物上很难成功?NO,那都是老黄历啦! 染色质免疫共沉淀测序技术(Chromatin Immunoprecipt ation with Sequencing,ChIP-Seq),作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具,技术成熟,已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究。但是由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性(如:需要大量细胞,实验重复性差,低...