CUT&Tag技术广泛适用于常规哺乳动物细胞的蛋白质-DNA互作研究,酵母、植物等细胞可以经过特殊的处理(破除细胞壁或者提取细胞核)来进行实验。 2.需要做IgG的阴性对照吗? 在CUT&Tag实验中包括IgG对照的目的是确定pA-Tn5是否特异性的定位于抗体所在/富集的基因组区域。与ChIP-Seq中使用的input对照不同,此阴性对照不用于...
意思就是,如果使用来源于兔源的一抗,那么选择抗兔的二抗即可识别该一抗;使用来源于鼠源的一抗,那么使用抗鼠的二抗即可识别该一抗。 CUT&Tag实验中,推荐使用抗IgG H&L的二抗,它是最常用也是性价比最高的二抗形式。这类抗体和IgG分子的重链和轻链都可以反应,也可以和其他的免疫球蛋白家族(IgM,IgA,IgD,IgE)和...
从实验过程及数据分析对阴性对照(不加一抗)的样本不是必需的,但是为了提高实验结果的准确性,排除二抗的非特异性吸附,建议设置阴性对照。可使用非特异的二抗(IgG)作为阴性对照(不加一抗),IgG 对照对其他方面没有多大用处,通常仅对其进行测序以检查拷贝数变化,并用作 SEACR 峰调用的背景对照。 Q3. 测序数据量需要...
1.H3K4me1抗体的CUT&Tag数据显示,与IgG对照组相比,H3K4me1 CUT&Tag检测到了H3K4me1的信号峰,且信噪比较高。 送样要求: 1.样本准备 所有寄送样本都需遵守国家相关规定,邮寄前在样品保存袋上清晰标注日期、样本类型、名称、与样本量,并填写样品详细信息表一起邮寄。
如果你确实有设置对照组的需求,CUT&Tag一般会有两种对照:阳性对照一般选择与基因组DNA相互作用较高的蛋白,例如组蛋白;阴性对照可以使用不加入一抗而正常加入二抗和Tn5转座酶的体系,查看是否存在Tn5转座酶乱切的情况,或者也可加入非特异性的IgG作为阴性对照。
在CUT&Tag实验中包括IgG对照的目的是确定pA-Tn5是否特异性的定位于抗体所在/富集的基因组区域。与ChIP Seq中使用的input对照不同,此阴性对照不用于分析。Active Motif R&D团队发现添加IgG对照不会增加任何有价值的信息,因为pA-Tn5已经被证明是特异的。但是,如果您希望添加IgG作为对照,这也是可以的。
对CUT&Tag和ChIP数据进行相关性分析,发现CUT&Tag的两个生物学重复(CUT&Tag_H3K4me3_rep1和CUT&Tag_H3K4me3_rep2)与对照CUT&Tag_IgG相关性非常低(r=0.01,Pearson’s correlation),表明CUT&Tag实验组和对照组(背景噪音)存在显著性差异(图3,a),然而,ChIP_H3K4me3实验组与ChIP_mock具有很高的相关性(r=0.89,Pears...
作者建立了两个生物学重复,用于H3K4me3抗体的CUT&Tag反应,以IgG抗体的CUT&Tag反应作为对照,并采用相同的材料进行H3K4me3抗体ChIP实验,以不添加H3K4me3抗体的ChIP反应作为对照,对CUT&Tag组和ChIP组进行相关性分析,发现CUT&Tag与IgG对照的相关性非常低(r=0.01),而ChIP-seq组与对照组的相关性高(r=0.89),表明CUT&Tag...
同时，对于IgG阴性对照的使用进行了说明，强调其在CUT&Tag实验中的作用与ChIP-Seq不同。此外，解答了关于CUT&Tag技术的适用物种、是否需要Input对照、样本是否可返还用于qPCR检测、是否可以用于标签蛋白以及文库质控标准等常见问题。在实验操作中，对于细胞系的冻存、处理与存储也提供了详细的步骤指南，强调了...
因此CUT&Tag实验需要做阴性对照(IgG),CUT&Tag文库和ATCA文库差别就在于抗体识别的蛋白,如果抗体的特异性很差,比如在所有组蛋白上都有结合,那这个时候建库得到的就是ATCA文库而不是CUT&Tag文库。这个时候阴性对照就很重要了,如果在IgG上也能出正常的PCR结果,就说明抗体有问题或者实验设计有问题了。