尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似,但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核,而不是ChIP中使用的甲醛交联的细胞或组织。 在CUT&Tag实验中,细胞首先被通透化,并与固定在伴刀豆凝集素A(ConA)涂层磁珠上的抗体一起孵育。该磁珠抗体可便于后续的清洗步骤。接下来,细胞与目标蛋白特异性抗体孵育,
CUT-Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation),是一项在2019年发表的高效研究蛋白质-DNA相互作用的新技术,它利用目标蛋白抗体和Tn5转座酶获取互作DNA。 Tn5转座酶是一种来源于细菌转座子Tn5的酶,改造后广泛应用于高通量测序的DNA文库制备,可同时完成DNA片段化和接头序列连接。 CUT-Tag实验先通过抗体免疫结合靶蛋...
而且CUT&Tag实验中细胞被固定在磁珠上,整个过程在一根EP管里进行,标记步骤包括染色质剪切和同时插入测序文库接头,适合于高通量实验甚至单细胞实验(scCUT&Tag)。 测序量少 CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。 对于CUT&Tag技术...
尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似,但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核,而不是ChIP中使用的甲醛交联的细胞或组织。 在CUT&Tag实验中,细胞首先被通透化,并与固定在伴刀豆凝集素A(ConA)涂层磁珠上的抗体一起孵育。该磁珠抗体可便于后续的清洗步骤。接下来,细胞与目标蛋白特异性抗体孵育,然后...
CUT&Tag和ChIP 技术的实验原理类似,均利用抗体与目标蛋白特异性结合来富集与之相互作用的DNA片段。CUT&Tag技术的核心是将Tn5转座酶进行改造,融合proteinA/G(形成pA/G-Tn5融合蛋白),其优点是特异性强,灵敏度高,背景噪音较低,重复性好,并且对样本要求量少。现在,CUT&Tag已成为组蛋白翻译后修饰(PTM)和从包括单细...
通过对这篇文章的部分解读可知：1）CUT&Tag不仅可以用于研究组蛋白和转录因子这种蛋白，也可以用于研究核酸序列，前提是有合适的抗体；2）CUT&Tag技术与ChIP-seq相比具有多方面的优势。当然，我们此次解读的这篇文章研究内容非常丰富，信息量大，篇幅所限，不做一一介绍，感兴趣的可以查看原文。上海欧易生物完成了多例...
CUT&Tag是在未固定细胞或细胞核上进行的,避免了标准ChIP工作流程中的固定、染色质制备和超声处理步骤。超声波处理的设置非常具有挑战性,需要昂贵的专用设备。此外,过度固定和过度超声会破坏蛋白质表位,阻止它们被免疫沉淀。有些抗体在自然条件下效果更好。
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(10...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)的核心创新在于将抗体介导的靶向识别与Tn5转座酶的DNA剪切-标签化功能有机结合。其工作流程可分为四个关键阶段: 1,原位抗体锚定:透化处理的细胞核内,一抗特异性结合目标蛋白(如H3K4me3组蛋白修饰) 2,级联放大系统:二抗桥接Protein A/G-Tn5融合蛋白,形成靶向复合物...
1.CUT&Tag 是什么？CUT&Tag 是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法，能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段，是新一代超微量ChIP-Seq技术，适用于无ChIP级别抗体的蛋白研究。CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互作的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究...