CUT&Tag技术是一种革新性的蛋白质-DNA互作研究方法,其独特之处在于它不需要使用免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白的抗体和Protein A的介导,成功实现了Tn5酶(已与Protein A融合)在切割DNA片段的同时,在序列两端添加测序接头。经PCR扩增后,可以直接生成用于高通量测序的文库。该技术的核心步骤为“切割下目标并进行扩增”...
2019年,Henikoff实验室发明了CUT&Tag,使用ProteinA/G-Tn5从而简化了二代测序的步骤,并且极大降低了细胞的起始数量。 2.CUT&Tag 1)实验原理 CUT&Tag是蛋白质与DNA互作的革新技术,无需通过甲醛交联以及免疫共沉淀,其核心技术为pA/G-Tn5 Transposase,将Protein A/G与Tn5转座酶进行融合,使得与抗体结合的同时,Tn5切割...
图2. CUT&Tag®4.0 产品交联与非交联测序数据结果展示 结果表明:对于转录因子而言,利用高浓度甲醛交联处理后,实验获得的 peak 数更多,背景更低,信噪比更高。 结果表明:对同一靶位点,不同细胞起始投入量进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞种类与细胞量的投入量下进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞数量不同种细胞...
华银康集团高通量测序检测中心CUT&Tag测序在整个实验过程中无需甲醛交联、超声打断、末端修复和连接接头等操作,通过对细胞预处理、免疫共沉淀、文库构建等关键过程进行技术改进,对ChIP-Seq技术进行全面革新,成为DPI研究的最佳选择[1]。 与传统ChIP-Seq工作流程比较 [1]...
01H3K4me1将H3K4me1使用常规的CUT&Tag试剂盒以及使用nanobody-Tn5的试剂盒进行单靶标和多靶标建库并上机测序,结果如下: 图.H3K4me1使用常规CUT&Tag试剂盒和Multi-CUT&Tag试剂盒结果图 使用常规CUT&Tag试剂盒以及Multi-CUT&Tag试剂盒做单靶标时,结果差异不大,在某些位点上,Multi-CUT&Tag信号更明显。Multi-CUT...
图1 CUT&Tag实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。二、CUT&Tag质控1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础，对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢？（如图2所示）可以明显看出两个特征：1）出现不同的峰，分别是约200bp的峰和400...
1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检...
6、非常方便:该试剂盒包含CUT&Tag原位测序每个步骤所需的所有组件,足以用于蛋白质/DNA捕获和捕获的DNA文库制备,从而使cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒Z方便,结果可靠且一致。 CUT&Tag试剂盒反应图示: DNA-Target Protein-Antibody-ChipTag结合示意图
CUT&Tag技术的简介 众所周知，染色质免疫沉淀（ChIP）是分析转录因子和辅因子与DNA的结合以及组蛋白和组蛋白修饰在整个基因组中的定位的金标准技术。但是该技术步骤繁琐，耗时长，需要的起始样本量很高，而很多研究很难获得足够量的样本开展该实验。随着二代测序技术的发展，ChIP-seq提高了数据的解读通量，但是ChIP技术...
图2:scNanoSeq-CUT&Tag实验流程示意图以及测序读段长度分布 scNanoSeq-CUT&Tag技术能够在每个单细胞中捕获多达13,373个独特读段,显著优于同类型二代测序方法。此外,检测到的落在峰中的读段比例(FRiP)与基于二代测序平台的scCUT&Tag...