CUT&Tag技术是一种革新性的蛋白质-DNA互作研究方法,其独特之处在于它不需要使用免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白的抗体和Protein A的介导,成功实现了Tn5酶(已与Protein A融合)在切割DNA片段的同时,在序列两端添加测序接头。经PCR扩增后,可以直接生成用于高通量测序的文库。该技术的核心步骤为“切割下目标并进行扩增”...
2019年,Henikoff实验室发明了CUT&Tag,使用ProteinA/G-Tn5从而简化了二代测序的步骤,并且极大降低了细胞的起始数量。 2.CUT&Tag 1)实验原理 CUT&Tag是蛋白质与DNA互作的革新技术,无需通过甲醛交联以及免疫共沉淀,其核心技术为pA/G-Tn5 Transposase,将Protein A/G与Tn5转座酶进行融合,使得与抗体结合的同时,Tn5切割...
CUT&Tag试剂盒:快速获得高信噪比的结果 Cleavage Under Target & Tagmentation (CUT&Tag)是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法。CUT&Tag以融合了protein A/G的Tn5转座酶为核心,融合蛋白通过protein A/G与抗体结合,使得Tn5被栓系在靶位点周围,从而在目的位点附近进行酶切反应,并同时引入二代测序所必需的接头序列,产...
图2. CUT&Tag®4.0 产品交联与非交联测序数据结果展示 结果表明:对于转录因子而言,利用高浓度甲醛交联处理后,实验获得的 peak 数更多,背景更低,信噪比更高。 结果表明:对同一靶位点,不同细胞起始投入量进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞种类与细胞量的投入量下进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞数量不同种细胞...
CUT&Tag性能确认测试结果展示 为了对CUT&Tag技术方法做性能确认,华银康高通量测序科研团队分别对样本重复性、最低细胞投入量和同行试剂比对这3个指标进行测试。 1 重复性测试 用3例样本分别进行重复性测试,CUT&Tag质控数据均符合要求,以hg38为参考基因组,F1、F2、F3...
01H3K4me1将H3K4me1使用常规的CUT&Tag试剂盒以及使用nanobody-Tn5的试剂盒进行单靶标和多靶标建库并上机测序,结果如下: 图.H3K4me1使用常规CUT&Tag试剂盒和Multi-CUT&Tag试剂盒结果图 使用常规CUT&Tag试剂盒以及Multi-CUT&Tag试剂盒做单靶标时,结果差异不大,在某些位点上,Multi-CUT&Tag信号更明显。Multi-CUT...
翌圣生物创造性得在CUT&tag实验中,传承了spike in的优势,在CUT&tag实验中,加入三段不同长度的λDNA组成spike-in mix,恒量spike in的加入,让你的qPCR结果不受投入量影响,定量更准确。 图3.翌圣CUT&Tag试剂盒中spike in的测序结果 Spike in加入后,进行文库构建,建库前spikein-1:spikein-2:spikein-3=1:3:10...
CUT&Tag技术的简介 众所周知，染色质免疫沉淀（ChIP）是分析转录因子和辅因子与DNA的结合以及组蛋白和组蛋白修饰在整个基因组中的定位的金标准技术。但是该技术步骤繁琐，耗时长，需要的起始样本量很高，而很多研究很难获得足够量的样本开展该实验。随着二代测序技术的发展，ChIP-seq提高了数据的解读通量，但是ChIP技术...
图2:scNanoSeq-CUT&Tag实验流程示意图以及测序读段长度分布 scNanoSeq-CUT&Tag技术能够在每个单细胞中捕获多达13,373个独特读段,显著优于同类型二代测序方法。此外,检测到的落在峰中的读段比例(FRiP)与基于二代测序平台的scCUT&Tag...
图1 CUT&Tag实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。二、CUT&Tag质控1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础，对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢？（如图2所示）可以明显看出两个特征：1）出现不同的峰，分别是约200bp的峰和400...