CUT&Tag案例解析 Steven Henikoff团队建立了AutoCUT&Tag平台,可全自动分析不同细胞系和患者样本中的肿瘤融合蛋白、转录相关复合物和组蛋白修饰,改进了CUT&Tag染色质分析技术。发现KMT2A肿瘤融合蛋白诱导的特异性位点,并发现不同的融合基因对各种转录辅助因子表现出不同的亲和力,可作为预测癌症对不同治疗性化合物敏感性...
CUT&Tag技术灵敏高效地揭示了H3K18la的染色质结合特性，展现出其在解析组蛋白翻译后修饰机制中的重要优势。Li, F. et al. Mol Cancer. 2024.CUT&Tag分析以筛选H3K18la的结合位点
CUT&Tag在植物上的应用 2019年Kaya-Okur等人首先在哺乳动物中使用CUT&Tag技术提供了高分辨率测序来分析不同的染色质组分,通过在低样本量和单细胞水平分析组蛋白修饰、RNA聚合酶II和转录因子的表达证明了CUT&Tag技术的实用性 (Kaya-Okur et al., 2019)。这是首次运用CUT&Tag技术进行动物细胞组蛋白修饰及转录因子结...
相对于 ChIP-seq 而言,改善的信噪比意味着绘制染色质特征所需的 测序量减少了一个数量级,允许样本池 (通常高达 90 个样本) 通过文库的 条形码 barcoded PCR 在 Illumina NGS 测序仪上进行配对末端测序。 CUT&Tag目前的价格比较稳定,如果你有数据分析能力,即可自己购买试剂盒建库,再交由测序公司进行扩增测序,自己...
接下来我将介绍cut&tag数据上游分析流程 首先拿到公司测序得到的fastq文件(Raw Data),上传到服务器的特定文件夹中,例如/home/zyn/cut&tag/fastq 质控 cd/home/zyn/#注意mkdir -p ./cut&tag/fastq报错,是因为&符号在Linux shell中有特殊意义,它用于将一个命令放入后台执行。mkdir./cut-tag/fastq# ---># QC...
CUT&Tag技术的简介 众所周知，染色质免疫沉淀（ChIP）是分析转录因子和辅因子与DNA的结合以及组蛋白和组蛋白修饰在整个基因组中的定位的金标准技术。但是该技术步骤繁琐，耗时长，需要的起始样本量很高，而很多研究很难获得足够量的样本开展该实验。随着二代测序技术的发展，ChIP-seq提高了数据的解读通量，但是ChIP技术...
尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似，但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核，而不是ChIP-seq中使用的甲醛交联的细胞或组织。CUT&Tag有望将蛋白与染色质DNA互作的研究变成了一种类似PCR反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有重要的意义。表 CUT&Tag与ChIP-seq比较 服务流程 服...
CUT&Tag在植物上的应用 2019年Kaya-Okur等人首先在哺乳动物中使用CUT&Tag技术提供了高分辨率测序来分析不同的染色质组分,通过在低样本量和单细胞水平分析组蛋白修饰、RNA聚合酶II和转录因子的表达证明了CUT&Tag技术的实用性 (Kaya-Okur et al., 2019)。这是首次运用CUT&Tag技术进行动物细胞组蛋白修饰及转录因子结...
虽然CUT&Tag相较于ChIP-seq有了很大的改进，但仍有难题横在眼前：一次实验只能绘制一种染色质蛋白图谱；无法直接检测同一细胞中不同染色质蛋白质的共结合。本文描述了一种方法，multi-CUT&Tag，能在样本有限的情况下通过一次实验同时绘制同一样本中多个染色质蛋白质图谱，并且可用于分析不同染色质蛋白的共定位。实验...
1）通过CUT&Tag的方法分析了H3K36me3在未交联细胞中的分布情况，发现H3K36me3也在基因体区域之外的启动子处富集，并利用Native ChIP-seq对结果进行了验证。2）通过对多个候选基因的大规模敲除筛选实验，鉴定得到SMYD5蛋白是潜在的H3K36me3的甲基转移酶。3）调控机制上，SMYD5被Pol II招募到染色质，导致H3K36...