然而,新方法、新技术往往给科学研究带来天翻地覆的变化,CUTANA™ CUT&RUN和CUT&Tag的出现解决了ChIP-Seq实验需要大量细胞,且重复性差、低信号、高背景等缺点,为研究DNA-蛋白质相互作用提供了新的有效工具。 Figure 1: ChIP-seq与CUT&RUN和CUT&Tag的比较 与ChIP-seq相比,CUT&Tag和CUT&RUN具有许多优点。这两...
1. CUT&Tag 具有更好的信噪比和更低的背景: Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需7小时),起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是蛋白质-DNA互作研究技术的又一颠覆性创新。 1.更高的文库质量。 图6. 文库质检图 2.数据质量好。 图7.测序数据对比图 3.更高的信噪比 图8.信噪比...
首先是通过染色质免疫沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目标蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测序(seq)。尽管ChIP-seq在近年来已广泛使用,但并不完美,还存在这样那样的问题。下面,我们就来看看ChIP-seq技术是如何一步步演化的。 传统ChIP-seq 我们先来了解一下传统ChIP-seq...
RNA-seq的QC比较简单,所以如果Cut&Run有对应的RNA-seq,那就直接看DEG周围的peak是否有差异。 结果是必然的! Diffbind高级分析法:notebooks/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/Diffbind.ipynb DBA_NORM_LIB ("lib") Normalize by library size only. Library sizes can be specified using the library parameter....
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。 对于CUT&Tag技术,3-5M reads足以生成可靠的数据,这比ChIP-Seq分析(通常每个样本需要30-50M reads)的测序量少了约10倍。
对于ATAC-seq 数据,总是进行重复读数的移除。 在许多 CUT&RUN 分析方法中,重复reads的移除是一个可选步骤。通常默认是保留重复reads,因为 CUT&RUN 增加了生物学重复reads的可能性。更具体地说,由于染色质的核酸酶切割在其典型性质上受到染色质构象和/或核酸酶偏好的影响,增加了来自不同细胞的相同reads的可能性。
图3左图:CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq 三种方法分析 H3K4me1 组蛋白修饰:CUT&Tag 在识别染色质特征时最有效,能够给出 ChIP-Seq 无法读出的信息;右图:peak-Calling 的对比,使用默认参数调用每种方法上的峰值,结果显示 CUT&Tag 比 CUT&RUN、ChIP-seq 或 ATA...
图3. 左图:CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq三种方法分析H3K4me1组蛋白修饰:CUT&Tag在识别染色质特征时最有效,能够给出ChIP-Seq无法读出的信息;右图:peak-Calling的对比,使用默认参数调用每种方法上的峰值,结果显示CUT&Tag比CUT&RUN、ChIP-seq或ATAC-seq有更高的信号。(见文献) ...