!提前申明:本人非生物信息学专业,对代码编程一窍不通,奈何最近实验用到了ChIP-seq和CUT&Tag,高通量测序后不得不进行数据分析。虽然一开始我一个头两个大,但是通过不断摸索,终于让我找到了不用学代码、…
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
前面所述CUT&RUN实验获得的DNA片段纯化后需要建库测序,CUT&Taq跟CUT&RUN相比,就是用Tn5代替MNase,切割染色质同时加上建库引物接头——具体来说就是用ProteinA/G-Tn5转座复合物孵育抗体处理过的细胞,Tn5在激活后剪切结合位点两边序列同时能加上测序接头,剪切产物扩散出细胞核外后回收纯化测序。切割同时加接头这一步可...
图5. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) Part III 翌圣CUT&Tag产品重磅上线 翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需7小时),起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是蛋白质-DNA互作研究技术的又一颠覆性创新。 1.更高的文库质量。
CUT&Tag是在未固定细胞或细胞核上进行的,避免了标准ChIP工作流程中的固定、染色质制备和超声处理步骤。 超声波处理不仅需要昂贵的专用设备,而且实验设置非常具有挑战性;此外,过度固定和过度超声会破坏蛋白质表位,阻止它们被免疫沉淀;并且有些抗体在自然条件下效果更好。
RNA-seq的QC比较简单,所以如果Cut&Run有对应的RNA-seq,那就直接看DEG周围的peak是否有差异。 结果是必然的! Diffbind高级分析法:notebooks/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/Diffbind.ipynb DBA_NORM_LIB ("lib") Normalize by library size only. Library sizes can be specified using the library parameter....
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
但是CUT&Tag作为该研究的新秀，也是崭露头角，光芒正盛。当然，小翌觉得CUT&Tag技术这个新秀光芒正盛，是自身实力也有市场发展需求的影响。CUT&Tag技术于2019年问世，问世以来，受到热捧。但是最初，CUT&Tag技术有被质疑，原因在于，CUT&Tag技术在做一些转录因子时，结果不太理想，导致一些声音怀疑CUT&Tag实验是否适用...
CUT&Tag技术的基本原理为:在抗体引导下,ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头,并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内,因此整个实验的信噪比大幅提高,同时简化了实验步骤。该方法可一管式高通量应用,并可与单细胞测序平...
CUT&Tag技术是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法,有望取代传统的ChIP-seq技术,探索组蛋白修饰区域、转录因子结合状态以及全基因组范围内DNA-蛋白质互作情况。其以操作简单(无需免疫共沉淀和超声破碎)、细胞起始量低(低至60个细胞)、...