然而,新方法、新技术往往给科学研究带来天翻地覆的变化,CUTANA™ CUT&RUN和CUT&Tag的出现解决了ChIP-Seq实验需要大量细胞,且重复性差、低信号、高背景等缺点,为研究DNA-蛋白质相互作用提供了新的有效工具。 Figure 1: ChIP-seq与CUT&RUN和CUT&Tag的比较 与ChIP-seq相比,CUT&Tag和CUT&RUN具有许多优点。这两...
总之,ATAC-seq实验通常不需要像ChIP-seq那样的严格对照,因为Tn5转座酶的切割偏好对结果的影响可以忽略不计。不过,确保实验的一致性和质量仍然是重要的,可以通过其他方式(如重复实验)来验证结果的可靠性。 样本标准化 Spike-in DNA Spike-in DNA normalization 方法参考 Epicypher CUT&RUN protocol (see Appendix III)...
首先是通过染色质免疫沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目标蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测序(seq)。尽管ChIP-seq在近年来已广泛使用,但并不完美,还存在这样那样的问题。下面,我们就来看看ChIP-seq技术是如何一步步演化的。 传统ChIP-seq 我们先来了解一下传统ChIP-seq...
Henikoff等通过三种方法来对组蛋白H3K27me3进行研究,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色体景观相似,但ChIP-Seq的背景较高,CUT&Tag的信号更强,信噪比更高。 图4. CUT&Tag、CUT&RUN(Henikoff于2017年发明了新技术)的peaks鉴定结果与ChIP-Seq的对比(Henikoff,2019) 同时CUT&Tag可以对极少量细胞(60个...
RNA-seq的QC比较简单,所以如果Cut&Run有对应的RNA-seq,那就直接看DEG周围的peak是否有差异。 结果是必然的! Diffbind高级分析法:notebooks/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/Diffbind.ipynb DBA_NORM_LIB ("lib") Normalize by library size only. Library sizes can be specified using the library parameter....
二、CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色质景观相似,但ChIP-Seq的背景较高,50M Reads的 ChIP-Seq才能得到与8M Reads CUT&Tag相当的染色质景观。总的来说,CUT&Tag的背景低,...
对于ATAC-seq 数据,总是进行重复读数的移除。 在许多 CUT&RUN 分析方法中,重复reads的移除是一个可选步骤。通常默认是保留重复reads,因为 CUT&RUN 增加了生物学重复reads的可能性。更具体地说,由于染色质的核酸酶切割在其典型性质上受到染色质构象和/或核酸酶偏好的影响,增加了来自不同细胞的相同reads的可能性。
CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。 对于CUT&Tag技术,3-5M reads足以生成可靠的数据,这比ChIP-Seq分析(通常每个样本需要30-50M reads)的测序量少了约10倍。
图3左图:CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq 三种方法分析 H3K4me1 组蛋白修饰:CUT&Tag 在识别染色质特征时最有效,能够给出 ChIP-Seq 无法读出的信息;右图:peak-Calling 的对比,使用默认参数调用每种方法上的峰值,结果显示 CUT&Tag 比 CUT&RUN、ChIP-seq 或 ATA...
ChIP-seq是探究有特定蛋白结合的DNA片段,即蛋白与DNA特定区域的互作关系; CUT&RUN、CUT&TAG是近些年提出的两个更高效的实验设计。 image from ENCODE 1、ChIP-seq(Chromatin Immuno-Precipitation) 染色体免疫共沉淀反应 1.1 上游实验原理 A 实验步骤 参考下图,主要分为5步 ...