CUT&Tag本身是结合高通量测序的一类技术,所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp大小的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体...
在CUT&Tag中,用磁珠结合蛋白,并对细胞膜进行通透处理,使得特异性抗体进入细胞核特异结合靶蛋白,然后将蛋白-Tn5转座酶融合蛋白结合在一起。转座酶的激活导致染色质在接近蛋白质结合位点处被切割,同时添加了NGS衔接子DNA序列,并有效地产生了具有高分辨率和极低背景的片段文库。从活细胞到可测序的文库的所有步骤均可在台...
图1. EpiNext™ cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒的工作流程。 图2. 使用EpiNext™ cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒的文库片段大小分布: 通过控制抗体(H3K9me3)从Hela细胞分离的500纳克染色质中捕获组蛋白/DNA复合物,并用于DNA文库的准备。295个碱基对的峰值反映了单核小体(约150个碱基对)的插入大小。
http://www.vazyme.com/product/279.htmlCUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法,通过将Protein G或Protein A与经过工程学改造的超高活性Tn5转座酶融合,形成兼具双重活性的新型融合酶(Hyperactive pG-Tn5/pA-Tn5 Transposase),在抗体引导下精准靶向切割目的蛋白附
片段大小的分析 为了评估ATAC-Seq和CUT&Tag文库,我们建议在文库扩增后,使用DNA片段分析仪,如安捷伦 TapeStation系统与D1000 Screen Tap Assay或安捷伦Bioanalyzer与DNA 1000 Chip检查片段分布。 片段的电泳图可以很好地显示片段的大小和它们的峰形,最好是选择分辨率小于1000bp的检测方法。 ATAC-Seq文库的质检 真核生物的...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是一种新型DNA-蛋白互作研究技术,主要用于研究转录因子或组蛋白修饰在全基因组上的结合或分布位点。相比于传统的ChIP-seq技术,CUT&Tag反应在细胞内进行,创新性地使用了ProteinA/G-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体
另外,在CUT&tag实验中,一些低富集的基因,可能因实验因素导致CUT&tag-qPCR显示不富集,但是spike in校正后,低富集的基因显示出富集,并且真实展示了该基因确实是低富集。 当然,在CUT&tag实验中,spike in添加后,会在文库中呈现出来,大家如果碰到文库中有明显的400多bp大小的片段,一定不要惊讶为什么(spike in 3长度...
CUT&Tag文库的特征与常见的转录组或基因组文库不同，它通常与所研究的蛋白有关，文库峰图通常无统一标准。如图所示。图2 | 组蛋白H3K27me3的CUT&Tag峰图 图3 | 一种转录因子的CUT&Tag质检图 图4 | 组蛋白H3K4me3的CUT&Tag质检图 CUT&Tag样本要求 1、样本类型：细胞系、组织 2、送样要求：（1）细胞系...
CUT&Tag是研究蛋白与DNA互作的技术,相较于传统的ChIP-seq、CUT&RUN,该技术具有文库构建时长更短(仅需7小时)、操作更简单、对起始样本要求更低、抗体投入量更少、文库产量更高等优点。经过细胞捕获、一抗孵育、二抗孵育、转座酶孵育、转座酶激活、掺入DNA标准品、细胞裂解、磁珠回收gDNA、文库扩增和磁珠分选等步骤...