图 ChIP-Seq与CUT&Tag实验程序比较（Zheng et al., 2020）。尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似，但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核，而不是ChIP-seq中使用的甲醛交联的细胞或组织。CUT&Tag有望将蛋白与染色质DNA互作的研究变成了一种类似PCR反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域...
mapped fragment size distribution fig_fraglen_line.jpg 会有点奇怪,length很类似,但是怎么有点丑,峰相对集中在200处,但是在200这里有很多小峰 评估样本再现性,得到层层次聚类矩阵 image.png 4.seacr的peaks文件,用R进行表格整理 image.png IGV初步能出现东西! 这是输入sall4之后得到的图。仅仅调整了第一行为蓝...
CUT-Tag的精度足以提供某些感兴趣位点的superposition,整合多种染色质feature: 作者甚至进一步提出了他们的scCUT&Tag,以轻柔的离心取代了beads,Tn5整合adaptor后把单个细胞分配到well中,对每个well的单细胞进行含index的PCR,最后把这些文库混合进行测序。这些单细胞集合成的profile与完全的bulk数据非常一致,而且大多数单细胞...
将在20 μm分辨率的spatial-CUT&Tag数据与已发表的小鼠大脑的scCUT&Tag数据比较(图2B),发现在相同测序深度下spatial-CUT&Tag检测到了更多的unique fragments(图2C;但spatial-CUT&Tag的FRiP比scCUT&Tag低,文献提到可能是用了冷冻切片的缘故,冷冻切片会影响染色质结构并产生更大的背景噪音)。通过染色质状态对细胞类...
CUT&Tag 数据处理与分析教程 四:Spike-in 对 CUT&Tag 数据的校正 对数据的校正 CUT&Tag 数据处理与分析教程 五:Peak calling CUT&Tag 数据处理与分析教程 六:数据可视化 CUT&Tag 数据处理与分析教程 七:差异分析 如果你看过我表观组学,比如《ChIP-seq数据分析》 和《ATAC-seq数据分析》 就会分析,其实绝大部...
此外，基因集富集分析表明，H3K18la结合的基因在很大程度上与血管生成和伤口愈合有关（图3D）。为了鉴定心梗后单核细胞中H3K18la的靶基因，作者结合CUT&Tag和RNA-seq数据，根据基因的表达和H3K118la修饰将基因分为4类：上调基因有或无差异H3K17la，下调基因有或没有差异H3K18la（图3E）。通过对两类H3K18la修饰...
2、ChIP和CUT&RUN、CUT&Tag，这三种DNA-蛋白互作技术之间的比较 CUT&RUN、 CUT&Tag都是研究DNA和蛋白...
一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) ...
直到它的出现,可以帮助科研人摆脱「折磨」的 ChIP 实验,使蛋白质-DNA 相互作用研究变得更便捷、高效、准确。那就是 Henikoff 团队发布的CUT&RUN 和 CUT&Tag 技术,不论是从操作难度或是数据质量上看,CUT&RUN 、 CUT&Tag 与ChIP技术相比都略胜一筹(图 1)。
CUT&Tag-sequencing显示出相同的消化偏差,并且由于Tn5转座酶导致染色质的脱靶可及性,因此特异性较低。 为解决这些问题,EpiGentek开发了两种新技术—CUT&RUN Fast和CUT&Tag In-Place-Sequencing,用于快速富集与蛋白质结合的DNA,并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用图。新技术具有“两高一低”的优势:高分辨、高时效以及...