答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/C...
为了鉴定心梗后单核细胞中H3K18la的靶基因，作者结合CUT&Tag和RNA-seq数据，根据基因的表达和H3K118la修饰将基因分为4类：上调基因有或无差异H3K17la，下调基因有或没有差异H3K18la（图3E）。通过对两类H3K18la修饰基因的从头基序搜索，作者发现H3K118la的上调和下调基因具有不同的富集DNA序列（图3F）。GO分析...
21188420 (79.67%) aligned concordantly 0 times 4815219 (18.11%) aligned concordantly exactly 1 time 590968 (2.22%) aligned concordantly >1 times 20.33% overall alignment rate 基本上在60%以下 mapped fragment size distribution fig_fraglen_line.jpg 会有点奇怪,length很类似,但是怎么有点丑,峰相对集中...
这对于在不同公司,不同时间做的测序结果来说,是非常重要的。 由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释...
研究人员通过将组织切片的spatial-CUT&Tag和免疫荧光染色结果相结合,进一步证实了spatial-CUT&Tag数据的准确性(图4)。首先用核DNA染料DAPI对小鼠嗅球组织切片染色,然后进行20 μm分辨率下H3K27me3抗体的spatial-CUT&Tag分析,区分出了主要细胞类型,包括肾小球(C1)和颗粒层(C2),并通过原位杂交验证了H3K27me3修饰的...
2、ChIP和CUT&RUN、CUT&Tag，这三种DNA-蛋白互作技术之间的比较 CUT&RUN、 CUT&Tag都是研究DNA和蛋白...
附图1:小鼠细胞系混合物的 scCUT&Tag 结果 1、小鼠大脑中几种组蛋白修饰的单细胞图谱及评估 对所有细胞的合并数据集的伪bulk分析显示了不同组蛋白修饰技术的特异性。特别是H3K4me3主要存在于转录起始位点的侧翼区域,H3K27ac同时占据这些区域和邻近的基因间区域(很可能是增强子),H3K36me3分布在整个基因体中。而H3...
CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,2019年弗雷德哈钦森癌症研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公开了该技术的详细结果与实验方案。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,这种技术方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。 zui新开发的技术,使用...
一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都可以用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。我们首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体列出的抗体进行CUT&RUN实验, 如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗...
现在,研究人员已经开发出一种新技术,即空间-CUT&Tag。它解决了这个问题,并提供了关于组织切片中哪些基因被打开和关闭以及它们位于何处的非常精确的信息。在他们的研究中,研究人员将重点放在最重要的表观遗传学变化之一,即组蛋白修饰上。 “这是我们第一次看到哪些组蛋白修饰直接在组织中控制全基因组基因表达,以及它...