类似于ChIP(chromatin immunoprecipitation),CUT&RUN也是利用抗体靶向染色质相关修饰和蛋白,但其所需细胞量和测序深度比传统ChIP更低。 在CUT&RUN中,抗体靶向目标蛋白从而结合在完整细胞中的染色质上,然后微球菌核酸酶(MNase)在目标蛋白结合位点特异性地剪切DNA,所释放的DNA片段被纯化、测序并定位到参考基因组序列上,就...
而ChIPmentation使用转座酶和与测序兼容的适配器,以实现ChIP过程中的连接整合,它遵循传统的慢速(2天)ChIP程序,无法实现高分辨率映射。 CUT&RUN(Cleavage Under Target & Release Using Nuclease,目标下切割与释放使用核酸酶)是为释放有限生物材料中捕获的目标蛋白质/DNA复合物以映射蛋白质-DNA相互作用而开发的,它显著...
与CUT&RUN相反,CUT&Tag适用于单细胞,因为从抗体结合到文库制备的整个反应都发生在完整的细胞或细胞核内。为了适应单细胞分析,对基本的CUT&Tag方案稍作调整。不用磁珠固定细胞,而是在洗涤之间离心细胞。在标记步骤之后,细胞作为单个细胞分布在纳米孔中,在测序之前进行编码。 CUT&Tag的优势 CUT&Tag是研究蛋白质与DNA...
Cut&Run与ChIP-seq的核心区别 pA-Tn5的引入,增强了捕获的特异性,使得起始量需求变少,信噪比变低,需要的数据量变少。改善的信噪比意味着绘制染色质特征所需的 测序量减少了一个数量级 基于Antibody-tethered Tn5-based 的方法由于 pA-Tn5 系结后严格的样品清洗和接头连接效率高,因此具有很高的灵敏度。相对于 ChIP...
CUT&RUN还可生成很难使用ChIP-seq进行分析的染色质重塑酶图谱,这也突出了CUT&RUN的另一个关键优势。 Figure 3: CUTANA™ CUT&RUN分析每次反应仅使用300 - 800万测序读段,为不同的目标蛋白生成高分辨率数据。*每个实验都使用CUTANA™CUT&RUN试剂盒和500,000个K562细胞进行。
最小化背景: 在目标蛋白质/DNA复合物的两端原位切割未结合的DNA序列,能够最小化免疫捕获的背景,允许进行少于1000万次读取的测序数据分析。 快速、流程简化的程序: 从细胞到文库DNA的程序不到3小时。 高度便捷: 试剂盒包含了CUT&RUN每个步骤所需的所有组分,因此EpiNext™ CUT&RUN Fast试剂盒是方便的,能够提供可...
CUT&RUN的主要步骤:细胞通透化——加入目的蛋白抗体(特异性的结合在目的蛋白处)——招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase)——加入Ca2+激活MNase活性,切割目标区域的DNA——回收片段化的DNA——qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理 ...
CUTANA™ CUT&RUN成功将选定的目标细胞数减少到5000个。需要注意的是,使用较低的细胞数可能会降低CUT&RUN产量,所以需要据此对文库制备和测序进行调整。如果出现这些情况,请点击CUT&RUN Library Prep Kit手册以获得实用建议。 2.细胞活力 EpiCypher在细胞收获时就会测定细胞活力或“活细胞”的百分比。初始细胞的活力对...
前面所述CUT&RUN实验获得的DNA片段纯化后需要建库测序,CUT&Taq跟CUT&RUN相比,就是用Tn5代替MNase,切割染色质同时加上建库引物接头——具体来说就是用ProteinA/G-Tn5转座复合物孵育抗体处理过的细胞,Tn5在激活后剪切结合位点两边序列同时能加上测序接头,剪切产物扩散出细胞核外后回收纯化测序。切割同时加接头这一步...
CUT&RUN 可在一天之内完成从活细胞到纯化 DNA 的过程,且经证明每次检测只需使用少至 500-1000 个细胞 (1,2)。和 ChIP 中碎裂所有细胞染色质不同,CUT&RUN 利用一种染色质抗体靶向消化方法,从而使背景信号比 ChIP 实验低得多。因此,CUT&RUN 仅需 ChIP-seq 检测所需测序深度的 1/10 (1,2)。最后,加入...