cat otutab.txt | csvtk summary -f WT2:uniq -t # 对去除重复值后的值统计数量 cat otutab.txt | csvtk summary -f WT2:countunique -t 对多个列同时进行统计: cat otutab.txt | csvtk summary -f WT2:countunique,OE1:uniq -t cat otutab.txt | csvtk summary -f WT2:mean,OE1:mean -t join...
f5:sum-g f1,f2|csvtk pretty## 去第一行headercat digitals2.csv|csvtk summary-f4:sum-f5:sum-i-g1,2|sed1d## 分组统计多个信息:cat digitals2.csv|csvtk summary-i-g f1-f f4:countn,f4:mean,f4:stdev,f4:q1,f4:q2,f4:mean,f4:q3,f4:min,f4:maxcat digitals2.csv...
csvtk add-header -n 'genename,count,foldchange,pval,padj' test.csv#添加新的文件头 -rename csvtk rename -f 1,2,3,4,5 -n 'gene,count,foldchange,pvalue,padj' test.csv#直接重命名指定列的列名 csvtk rename -f 3 -n 'log2Foldchange' test.csv#指定列名重命名 -csvtk transpose csvtk transp...
选择:从CSV/TSV数据中选择特定字段/列。 csvtkcut-t -f column1,column2 input.tsv 排序:按特定字段/列对CSV/TSV数据进行排序。 csvtksort-t -k column1:nrinput.tsv 查看规格:查看当前表格的行列数。 csvtk -t stat input.tsv 尤其第一个美化查看可以说是非常实用,不过大文件需管道后接less,效果如下 用完...
csvtk 的summary命令有两个亮点,第一是支持对文本和数值的多种分组统计;第二个是可以过滤对应字段的非数值内容(比如N/A)。 代码语言:javascript 复制 $ cat digitals2.csv f1,f2,f3,f4,f5 foo,bar,xyz,1,0foo,bar2,xyz,1.5,-1foo,bar2,xyz,3,2foo,bar,xyz,5,3foo,bar2,xyz,N/A,4 ...
csvtk合并列 【最新版】 1.CSV 文件概述 2.CSVtk 工具介绍 3.CSVtk 合并列功能 4.CSVtk 合并列的具体操作方法 5.总结 正文 一、CSV 文件概述 CSV(Comma Separated Values)文件是一种以逗号分隔数据的文本文件格式,常用于数据交换和存储。CSV 文件的每一行包含一个记录,每行中的数据由逗号分隔,各个数据之间可以...
csvtk-跨平台,高效实用的CSV / TSV工具包 文件: : (和)。 源代码: : 最新版本: 介绍 与生物信息学领域的FASTA / Q格式相似,CSV / TSV格式是生物信息学和数据科学中的基本文件格式。 人们通常使用电子表格软件(例如MS Excel)来处理表格数据。 但是,这都是通过单击和键入来完成的,这不是自动化的,并且重复...
csvtk是 seqkit 与 taxonkit 作者开发的另外一款工具,专门用来处理表格数据,虽然名字称为 csvkit,但也可以处理 tsv 格式。可以对表格文件进行多种处理,包括统计,转换,集合,编辑,排序,绘图等操作。相比于 R 与 python 这些功能强大的软件,csvtk 是一个多功能的工具
csvtk Another cross-platform, efficient, practical and pretty CSV/TSV toolkit Yes, you could just use spreadsheet softwares like MS excel to do most of the job. Howerver it's all by clicking and typing, which is not automatically and time-consuming to repeate, especially when we want to app...
Documents:http://bioinf.shenwei.me/csvtk(Usage,TutorialandFAQs).中文介绍 Source code:https://github.com/shenwei356/csvtk Latest version: Introduction Similar to FASTA/Q format in field of Bioinformatics, CSV/TSV formats are basic and ubiquitous file formats in both Bioinformatics and data science...