for i in otutab.txt taxonomy.txt metadata.txt otus.fa;do wget -c http://210.75.224.110/github/MicrobiomeStatPlot/Data/Science2019/$i; done mv metadata.txt metadata.tsv # 转换TSV为CSV sed 's/\t/,/g' metadata.tsv > metadata.csv # 删除行名的#号,旧版本格式,目前不常用 sed -i '1 s...
plot画一些通常的直方图,箱线图,散点图。 csvtk plot hist csvtk plot box csvtk plot line 足够强大的工具!推荐学习使用! 生物信息分析笔记
plot 基本绘图 plot hist histogram plot box boxplot plot line line plot and scatter plot 其它 version 版本信息和检查新版本 genautocomplete 生成支持Bash自动补全的配置文件,重启Terminal生效。 4.使用 输入数据要求每行的列数一致,空行也会报错 csvtk默认输入数据含有标题行,如没有请开启全局参数-H csvtk默认...
plot box 绘制箱线图 # 设置-g参数用于指定x周坐标,-f 指定y周内容 csvtk -t plot box otutax.txt -g Phylum -f "OE2" --width 12 --title "wentao" > boxplot.png 1. 2. # 坐标轴反转一下 csvtk -t plot box otutax.txt -g Phylum -f "OE2" --width 12 --horiz --title "wentao" >...
借助gonum 中的 plot 包,csvtk 还可以直接画一些基本的统计图,这功能其实已经超越 dplyr 向着 ggplot2 挺进了。画图相关命令可以根据文件后缀自动确定输出类型。 plot 支持 boxplot, histogram, line 和 scatter 四种图,图的主要元素都可以设置,支持的输出格式包括 eps/pdf/svg/tiff/jpg/png,对应如下三个命令: ...
csvtk-t plot box grouped_data.tsv.gz-g"Group"-f"GC Content"--width3-o boxplot.png 写在最后:有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛,地址在下面,复制去浏览器即可访问,弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用(bioinfoer.com)。
csvtk -t plot hist testdata/grouped_data.tsv.gz -f 2 | display plot boxplot with data of the "GC Content" (third) column, group information is the "Group" column. plot horiz boxplot with data of the "Length" (second) column, group information is the "Group" column. ...
借助gonum 中的 plot 包,csvtk 还可以直接画一些基本的统计图,这功能其实已经超越 dplyr 向着 ggplot2 挺进了。画图相关命令可以根据文件后缀自动确定输出类型。 plot 支持 boxplot, histogram, line 和 scatter 四种图,图的主要元素都可以设置,支持的输出格式包括 eps/pdf/svg/tiff/jpg/png,对应如下三个命令: ...
plot 基本绘图 plot hist histogram 直方图 plot box boxplot 箱线图 plot line line plot and scatter plot 线图和散点图 # 其它 version 版本信息和检查新版本 genautocomplete 生成支持Bash自动补全的配置文件,重启Terminal生效。 使用前注意 使用 输入数据要求每行的列数一致,空行也会报错 ...